春秋战国时期，北方民族地区的游牧经济已经有了相当的发展。牧民饲养的骆驼被中原视为“奇畜”，他们把用骆驼奶作成的“酥”作为补养身体的佳品。蒙医传统方药还有很多“酥制剂”、“酥引子”。另外还有“马乳疗法”等等。唐代，早在公元七世纪文成公主和金城公主进藏时期，在西藏有位医生，当地人民叫他“苏克布门巴”（藏语，意为蒙古医生）。由于他的医术高明，被人们誉为“起死良医”。元代，是蒙医阐古启新时期。元世祖忽必烈时，在宫廷里“设掌饮膳太医四人”，专门从事饮食营养卫生的研究。饮膳太医忽思慧，曾编着一部《饮膳正要》（公元1330年），书凡三卷，是我国最早的一部营养学专着。 13世纪初，元太祖成吉思汗统一全蒙古民族以后，同国内各兄弟民族， 特别是同汉族之间的往来更加密切，与印度、阿拉伯和欧洲等国家和地区的通商及文化交流也随之开始。于是蒙古民族的经济文化也得以发展，有了手工业，创造了蒙古文字。西藏医学家宇妥·元丹贡布所着的《四部医典》里， 也有＂蒙古灸＂的记载， 并在《宇妥·元丹贡布传略》一书中提到＂蒙古放血疗法＂。常年驰骋在广阔草原上的古代蒙古人，经常发生战伤、摔伤、骨折等疾病， 客观要求他们不断摸索克服这些病症的方法。因此，正骨、 正脑疗法也是早期蒙医的重要内容之一。还有对伤口的＂烧灼疗法＂、重伤者的＂腹罨疗法＂(即把牛或骆驼的腹腔剖开，将伤者放入，利用其温施疗)。 在元代，饮食疗法得到较为系统的总结和发展。着名的元代宫廷饮膳太医、 蒙古族营养学家忽思慧所着的《饮膳正要》中，记载大量的蒙古族饮食卫生及饮食疗法的内容。如常用的马奶、牛骨髓、乳酪及营养卫生的内容在该书中占有相当的比重。此书在祖国医学营养学中占有重要的历史地位。蒙汉两族医药很早就有交流。随·巢元方《诸病源候论》中就载有很多北方民族的医疗卫生知识。许多北方少数民族医家则致力于研究汉医，并介绍到蒙古地区。如宋《圣济总录》在南宋时即已散失，后由＂夷狄＂所存的抄本得以保存。辽代的耶律庶成则把一些汉医学的方面的书译成少数民族文字广泛传播。还有直鲁古写出《脉诀针灸书》一卷受到中原人民的重视，在明人陈弟编的《世善堂藏书目录》中仍有着录。元代蒙医学家沙图穆苏用汉文撰成《瑞竹堂经验方》十五卷，书中反映出蒙医学的某些特点，如治疗风寒湿痹的方剂较多，该书所载方剂达数百首，其中有些方剂实用而有效，至今仍为医家所乐用，如《八珍散》、《四味香附丸》等方剂，均出自该书。用沙漠中生长的地锦草乳汁治疗创伤的方法，至今仍在应用。森林地带的蒙古人对草药的知识尤为丰富。如14世纪拉西德丁所着的《史集》中记载：＂兀刺速惕、帖良古惕和客思的迷等这些蒙古部落的人，不但熟悉蒙古药剂，并以蒙古疗法医病之事，颇有盛名。＂随着与国内各兄弟民族和阿拉伯、印度以及欧洲国家之间的经济文化交流不断发展，蒙古肉苁蓉和动物性药物传到内地和国外；同时，内地和外国的药物也传入蒙古地区，促进了蒙药的发展。
14世纪，蒙古族翻译家沙拉布僧格，将古代印度巨着《金光明最胜王经》从维文、藏文译成蒙文。在该书第24章里摘述《圣心八部医法秘书》中的＂平息由赫依、希拉、巴达干引起的疾病和聚合性病症的理论＂。随而古代印度医学的部分基本理论初次传播于蒙古地区。16世纪，明代中、末叶随着西藏喇嘛黄教输入蒙古，藏医也随之而来到蒙古地区。1576年，藏医经典着作《四部医典》传到蒙古。印度佛教巨着《丹珠尔经》于17世纪末被译成蒙文其中包括古代印度医学巨着《寿命吠陀（八支心要集）》。对蒙医的发展起了重要作用。蒙医吸收了藏医学及古代印度医学的以阴阳、五元学说为基础的赫依、希拉、巴达干理论和七要素理论以及汉医知识，结合蒙古地区特点及民间疗法，创造性地加以改造和发展。在18世纪时，已经形成了以寒热理论为主导的理论体系。涌现出许多蒙古族医学家，编写注解和补充《四部医典》的书以及其它医着，对蒙医学的发展做出很大贡献。
蒙医学包括基础理论、蒙药与蒙药方剂、临床各科等几大学科。蒙医基础理论主要研究人体生理、病理、疾病的诊断和治疗原则以及治疗方法等，对临床各科具有指导意义的一门学科。蒙医学理论来源于临床实践，又反过来指导临床实践，并在实践中不断得到充实和发展。它不仅仅是医疗经验的积累，而且具有从实践中升华出来的一套学术理论。在漫长的历史发展过程中，接受古代朴素唯物主义和辩证思想—阴阳、五行学说的影响，吸收了印度医学、藏医学、中医学的部分基础理论，不断地得到了充实和提高。蒙药学是对蒙药进行全面研究的学科，主要研究每味蒙药的来源、形态、产地、品种和真伪的鉴别、性味、功效以及采收、加工、炮制、贮藏等。蒙药学还总结出了一整套用药规律，应用于临床，而达到防病、治病和健身目的。方剂学是以蒙医基础理论为指导，为防病、治病而研究配制、药物应用的一门学科。内容包括蒙药的配置原则、配方规则、配方剂型、配制工艺、方剂功能、主治、用法与用量等。蒙医临床各科包括内科、外科、温病科、妇科、儿科、传统疗术科、骨伤科、五官科、皮肤科等。都以蒙医基础理论为指导，对疾病进行辩证分析、诊断和治疗的具有独具特色的学科。