蒙医学重视人体自身的统一与完整性的同时也重视人体与大自然的密切联系。蒙医基础理论认为，人体是由三根与七素所构成的有机整体，三根与七素之间存在着共同进行复杂的生命活动和对立统一的协调关系。因而并不是孤立存在的，而是相互依赖、相互促进、相互影响、相辅相成，共同负担人体正常生理活动。内而消化循环，外而视听言行，都不是孤立进行的。在三根七素的作用下，人体脏腑之间，脏腑与体表之间都以“黑白脉”相连接，生命活动彼此协调，维护人体内外环境的相对平衡。某一部分发生病变，就会影响到其他部位以至全身（整体），引起平衡失调，功能障碍，出现一系列症状。因此，在治疗疾病时应从整体出发，不能头痛医头。这就是蒙医整体观的指导作用在临床上的体现。
另一方面，蒙医学认为人和自然界也是对立统一的整体。人体通过感受器，和外界自然环境保持着密切联系，自然环境的变化必然对人体产生影响。如：一年四季的气候变化，不同地域的地理环境、居住条件、生活习惯等，都直接影响人的生理活动。在正常情况下，通过人体内部三根的调节，使与自然环境的变化相适应，保持正常的生理功能。但气候环境条件的变化，超过人体的适应能力，或者由于人体的调节机能失常，不能对外界变化作出适应的反应时，就会发生疾病。
整体观是蒙医学的突出特点之一，贯彻于整个理论与临床实践。近些年，整体观越来越得到了诸多医学重视。