五元学说(即土、水、火、气、空)很早被应用于古代印度医学。据文献记载。于14世纪初经西藏传播到蒙古地区。在蒙医学理论中，对构成人体的“三根”、“七要素”和生理、病理、诊断、治疗原则、四施(药物、外治、饮食、起居)等的解释，都以五元学说为理论指导。因此，五元学说是蒙医学理论体系的纲要。它把事物按照不同的性质、作用与形态，分别归属于土、水、火、气、空五元素。例如：土元素的性质为硬、强、重，以气味为主，具备味、色、感、声等性能，为一切物质的本基，对物质有重、稳的功能；水元素性质为湿、润，以味为主，具备感、声等性能，对物质有滋养、湿润的功能；火元素性质为热，以色为主，具备感、声等性能，对物质有成熟、溶解、烧灼的功能；气元素性质为轻、动，以感为主，具有感、声两种性能，对物质有轻、动、发的功能；空元素性质是空、虚，只有声一种性能，为物质的存在、增长、运动的空间，具有间隔的功能。
蒙医学认为人体是一个统一的有机整体，其各个部分之间都有密切联系，这种相互联系和构成，均和五大元素密切相关。阴阳五行学说在蒙医学生理、病理和临床治疗等各方面都成为其所遵循的基本理论基础。
五元素(土、水、火、气、空)与三根(赫依、希拉、巴达干)五脏六腑的关系：三根中巴达干属土水、五脏脾、六腑胃属五元素的土，五脏肾、六腑膀胱属五元素的水；三根希拉属火，五脏肝、六腑胆属于五元素的火；三根赫依属气，五脏肺、六腑大肠属于气；循环属于空；五脏心、六腑小肠属于空。