蒙医诊治疾病注重辨证论治。证是蒙医治疗疾病的基础单位，是用药方的依据和前提。疾病虽然多种多样，错综复杂，但蒙医认为究其原因可概括为赫依、协日、巴达干、血、黄水（协日乌素）、虫等六种。疾病的本质可归纳为寒热两种。把发病部位可归纳为脏腑、黑脉、白脉、五官等。辩证就是将通过三诊（问、望、切）收集到的资料，按蒙医的基础理论分析归纳，判断出疾病的原因及发病部位的方法。所谓论治，就是辩证的基础上，构思治疗方案，并进行治疗。制定治疗方案时，首先强调“治未病”的原则，要注意“求本”，“扶正祛邪”，“调理三根”以及“因人、因时、因地制宜”等几个方面。还需主病与三时相结合施治，药物、饮食起居、外治、护理要准确的针对疾病。
蒙医临床治病重视辨证论治，以调整人体的功能状态为目的。这也是蒙医治疗的优势所在之一。尤其在一时难以确诊的特殊疾病，要试诊的方法进行确诊，使蒙医辩证论治可以及早的发挥其作用。