蒙医学的理论体系是以整体观念为指导的朴素的唯物论和自发的辨证法为主导。在蒙医学理论中阴阳，五元、三根、七素、三秽是生理、病理、诊断治疗原则的辨证理论基础。
蒙医学自古以来以阴阳变化的相互关系来说明人体的组织结构、生理功能、病理变化疾病的诊断和治疗以及确定治疗原则。
五元学说成为蒙医学理论体系的纲要，分别归属于土、水、火、气、空。蒙医学认为人体是一个统一的有机整体，其各个部分之间都有密切联系，这种相互联系和构成，均和五大元素密切相关。
三根是人体赖以进行生命活动的三种能量和基本物质----赫依、希拉、巴达干的简称。三根的功能不仅表现在正常的生理活动中，同样也表现在异常的病理变化中。
七素为构成人体的基础物质----饮食精华、血、肉、脂肪、骨、骨髓及精液。七素在有机整体的内部运动中属阴性范畴，有显示人体第二特性的作用。七素内部也存在着引起矛盾运动的因素。
所谓的三秽指人体吸收食物的养分后，污物、残渣以大便的形式排出体外；存在于人体内的糟粕以尿的形式排出；汗液能使皮肤润洁，起固表的作用。
病理学是以阴阳学说为主导，以人体基本组成部分之五元、三根七素的相对抗关系为基础，研究发病原因、因素、病变过程，同时分析研究病因、发病部位及疾病本质的学科。
诊断学是蒙医学的重要组成部分。它是以蒙医学基础理论为依据，指导临床实践的一门科学。在基础理论的指导下，以问、望、切三诊方法从整体观念出发，重视疾病的客观反映与内在病变的联系，对疾病进行行之有效的诊断。
蒙医学中以重治病因为前提的原则是治疗疾病时必须坚持的基本原则，也是就是治疗原则。其一，针对病因施治，其二，结合病情，辨证施治。
蒙医学根据自己的理论体系，研究人体形成，生长发育，衰老，死亡等生命活动的规律，在此基础上，开展防病治病和使人延年益寿的工作。任何医学理论体系都来源于临床实践，又反过来指导临床实践的。蒙医学也不例外，在漫长的历史发展中与疾病斗争中积累了丰富的传统医疗实践经验，在朴素的唯物论和自发的辨证法思想的影响和指导下，不断地得到充实和提高逐步形成了独特的民族医学理论体系。