五行是以五种物质(木、火、土、金、水)的性能代表多种事物的属性，并以此说明事物之间的制约和生克关系，属于一种归类推演的方法。在蒙医学中，借五行以说明人体生理、病理及其与外在环境的相互关系等，从而进行辨证论治，达到预防和治疗的目的。
五行学说传播到蒙古地区比较早，从16世纪开始就应用于蒙医脉诊。五行学说在理论上和蒙医学的“赫依、希拉、巴达干”还不能完全结合。五行在蒙医脉诊中的应用遵循四季、五行、脏腑与脉象的相互关系；春夏秋冬及四个土旺期共为五时，即春属木，命脉为肝；夏属火，命脉为心；秋属金，命脉为肺；冬属水，命脉为肾。每季末的18天，计72天则为脾土脉旺盛运行之时，蒙医五行的变化规律，具体地解释人体生理和病理现象，并指导临床诊断与治疗。