一、阴阳学说
阴阳是我国古代用以解释自然界一一切事物相互对立而又统一的朴素的唯物论和自发的辩证法思想。据蒙古古代史料及许多文学艺术着作记载，古代蒙古人称苍穹为“父天”，称地球为“母地”。这是蒙古民族中形成的阴阳概念。蒙医药理论是在对自然界有了这种认识的基础上发展起来的。在《内经》《四部医典》《饮膳正要》等书中，有古代蒙古人善于用热性疗法治疗寒症的记载，如“蒙古灸”；用寒性疗法治疗热症，如“冷敷”和“酸马奶疗一法”等。
到16世纪末，阴阳学说成为蒙医学理论体系的重要组成部分。阴阳学说认为，世界是物质性的整体，世界本身是阴阳对立统一的结果，宇宙间的任何事物都包含着阴阳相互对立的两个方面。如白昼和黑夜，晴天与阴天，热与冷，动与静。一般地说，凡是活动的、上升的、明显的、进行的、无形的、轻清的、功能亢进的或属于功能方面的都属于阳；而凡是静止的、下降的、隐晦的、退行性的、有形的、重浊的、功能衰退的或属于物质方面的都属于阴。从事物的运动变化来看，当事物处于沉静状态时便属阴，处于躁动状态时便属阳。由此可见阴阳既可代表两个相互对立的事物，也可代表同一事物内部所存在的相互对立的两个方面。事物的阴阳属性并不是绝对不变的，而是相对的，是根据一定的条件来决定的。蒙医认为，宇宙间的任何事物都可以概括为阴和阳两类，任何一种事物的内部又可分为阴、阳两个方面。而每一事物中阴或阳的任何一方，还可以再分阴阳，以至无穷。阴阳两个方面，既是对立的，又是相互依存的，任何一方都不能脱；离另一方面而单独存在。阴阳之间是相互依存，相互消长的，每一方都以另一方为存在条件，二者在一定条件下也可以互相转化。当阴阳两者不断地变化，发展到一定阶段，阴可以转化为阳，阳可以转化为阴。阴阳之间相互对立、依存、消长、转化几方面的关系，是阴阳学说的基本内容，这些内容不是孤立的，而是相互联系、互相影响、互为因果的。蒙医学运用阴阳变化的相互关系来说明人体的组织结构、生理功能、病理变化和探求药物性能，并广泛用于疾病的诊断和治疗，以及确定治疗原则等方面。
二、五元学说
五元学说(即土、水、火、气、空)很早被应用于古代印度医学。据文献记载。于14世纪初经西藏传播到蒙古地区。在蒙医学理论中，对构成人体的“三根”、“七要素”和生理、病理、诊断、治疗原则、四施(药物、外治、饮食、起居)等的解释，都以五元学说为理论指导。因此，五元学说是蒙医学理论体系的纲要。它把事物按照不同的性质、作用与形态，分别归属于土、水、火、气、空五元素。例如：土元素的性质为硬、强、重，以气味为主，具备味、色、感、声等性能，为一切物质的本基，对物质有重、稳的功能；水元素性质为湿、润，以味为主，具备感、声等性能，对物质有滋养、湿润的功能；火元素性质为热，以色为主，具备感、声等性能，对物质有成熟、溶解、烧灼的功能；气元素性质为轻、动，以感为主，具有感、声两种性能，对物质有轻、动、发的功能；空元素性质是空、虚，只有声一种性能，为物质的存在、增长、运动的空间，具有间隔的功能。
蒙医学认为人体是一个统一的有机整体，其各个部分之间都有密切联系，这种相互联系和构成，均和五大元素密切相关。阴阳五行学说在蒙医学生理、病理和临床治疗等各方面都成为其所遵循的基本理论基础。
五元素(土、水、火、气、空)与三根(赫依、希拉、巴达干)五脏六腑的关系：三根中巴达干属土水、五脏脾、六腑胃属五元素的土，五脏肾、六腑膀胱属五元素的水；三根希拉属火，五脏肝、六腑胆属于五元素的火；三根赫依属气，五脏肺、六腑大肠属于气；循环属于空；五脏心、六腑小肠属于空。
三、五行学说
五行是以五种物质(木、火、土、金、水)的性能代表多种事物的属性，并以此说明事物之间的制约和生克关系，属于一种归类推演的方法。在蒙医学中，借五行以说明人体生理、病理及其与外在环境的相互关系等，从而进行辨证论治，达到预防和治疗的目的。
五行学说传播到蒙古地区比较早，从16世纪开始就应用于蒙医脉诊。五行学说在理论上和蒙医学的“赫依、希拉、巴达干”还不能完全结合。五行在蒙医脉诊中的应用遵循四季、五行、脏腑与脉象的相互关系；春夏秋冬及四个土旺期共为五时，即春属木，命脉为肝；夏属火，命脉为心；秋属金，命脉为肺；冬属水，命脉为肾。每季末的18天，计72天则为脾土脉旺盛运行之时，蒙医五行的变化规律，具体地解释人体生理和病理现象，并指导临床诊断与治疗。