阴阳是我国古代用以解释自然界一一切事物相互对立而又统一的朴素的唯物论和自发的辩证法思想。据蒙古古代史料及许多文学艺术着作记载，古代蒙古人称苍穹为“父天”，称地球为“母地”。这是蒙古民族中形成的阴阳概念。
蒙医药理论是在对自然界有了这种认识的基础上发展起来的。在《内经》《四部医典》《饮膳正要》等书中，有古代蒙古人善于用热性疗法治疗寒症的记载，如“蒙古灸”；用寒性疗法治疗热症，如“冷敷”和“酸马奶疗一法”等。
到16世纪末，阴阳学说成为蒙医学理论体系的重要组成部分。阴阳学说认为，世界是物质性的整体，世界本身是阴阳对立统一的结果，宇宙间的任何事物都包含着阴阳相互对立的两个方面。如白昼和黑夜，晴天与阴天，热与冷，动与静。一般地说，凡是活动的、上升的、明显的、进行的、无形的、轻清的、功能亢进的或属于功能方面的都属于阳；而凡是静止的、下降的、隐晦的、退行性的、有形的、重浊的、功能衰退的或属于物质方面的都属于阴。从事物的运动变化来看，当事物处于沉静状态时便属阴，处于躁动状态时便属阳。由此可见阴阳既可代表两个相互对立的事物，也可代表同一事物内部所存在的相互对立的两个方面。事物的阴阳属性并不是绝对不变的，而是相对的，是根据一定的条件来决定的。蒙医认为，宇宙间的任何事物都可以概括为阴和阳两类，任何一种事物的内部又可分为阴、阳两个方面。而每一事物中阴或阳的任何一方，还可以再分阴阳，以至无穷。
阴阳两个方面，既是对立的，又是相互依存的，任何一方都不能脱；离另一方面而单独存在。阴阳之间是相互依存，相互消长的，每一方都以另一方为存在条件，二者在一定条件下也可以互相转化。当阴阳两者不断地变化，发展到一定阶段，阴可以转化为阳，阳可以转化为阴。
阴阳之间相互对立、依存、消长、转化几方面的关系，是阴阳学说的基本内容，这些内容不是孤立的，而是相互联系、互相影响、互为因果的。
蒙医学运用阴阳变化的相互关系来说明人体的组织结构、生理功能、病理变化和探求药物性能，并广泛用于疾病的诊断和治疗，以及确定治疗原则等方面。