历史上，维吾尔族医学一直非常重视食疗。维吾尔医的药膳食疗理论和实践渊源已久，为维吾尔族的繁衍生息作出了重要贡献，也对新疆各民族的健康起到积极的作用。为了适应我国西北地域恶劣多变的气候生活环境，维持民族繁衍生息，逐渐形成了本民族独特的医疗保健方式。
公元前139年，张骞出使西域，开始了西域与内地全面大规模的交流。在从内地引入养蚕术、纺织丝绸的同时，西域还获得了重要的药材“僵蚕”和“蚕矢”。与此同时，原产西域的葡萄、苜蓿、石榴、胡桃、胡葱（皮芽子）、红花等菜、豆、果药、从西汉起，陆续引种到内地，广泛用于医药。
西域出产的很多动物药物和矿物药，在那时已名扬四方。当地民族用牛、羊、马、驼、鹿、黄羊、麝香动物的筋骨、血、内脏，或以单方或配成验方，治疗各种疾病；还懂得将硫黄、硇砂、明矾、阿魏、雄黄、石腊、石膏、白玉等矿物入药。
西部游牧民族食肉体壮，故用药峻猛，药亦采自本地。可知那时西域人在认识和治疗疾病上已有一定规范。
孙思邈的《千金要方》卷15以及王焘的《外台秘要》卷14，都载有“西州续命汤”药方，西州即今吐鲁番地区的高昌古城一带。孙思邈的“
小续命汤”就是根根据"西州续命汤"加减而来的，二者在方药和主治疾病上基本相同。这是一个典型事例，足以说明正是各族人民相互学习交流，共同发展了祖国医药学。
经过几千年来漫长的积累，古维吾尔医学逐渐形成了比较完整的理论体系和治疗方法。维吾尔医学认为：水、木、土、气是构成世界的四大根本物质，四大物质产生气质，气质产生四津体液，四津又产生精神，神生力，力主各脏器功能。
汉医的"脉学"在传往阿拉伯时，首先被回纥医生吸纳，至今维吾尔医生都沿用查脉、望诊、问诊的方式来治病。经过实践，他们认真总结积累起本民族自有的独特医药学体系。患者的诊病常以内服药为主，按方抓药。还有熏疗、坐药、放血、热敷、冷水疗、温泉浴、拔火罐、及有名的吐鲁番“理沙疗”。