发源和发展于新疆的维吾尔医药具有2500多年的历史，是中国传统医药和维吾尔优秀传统文化的重要组成部分。多年来，维吾尔医药与传统中医药交融发展，彼此互补，与其它民族医药共同组成体系完整庞大的中华医药。如今，随着蒙、藏等民族医药在市场中快速开发利用，维吾尔医药显得步履维艰，亟待及早与其它民族医药共同走产业化发展之路。
历史悠久的维吾尔医药，长期以来集阿拉伯、古希腊医药之所长，并受到中医药学的影响，形成了自己独特的基础理论和丰富的临床经验，在广大人民群众中发挥着神奇的效用，孕育出丰富的民族医药文化。
公元前5世纪前，在我国北方广大地区游牧、农耕的古代维吾尔祖先，在同自然灾害和疾病作斗争的实践中，就懂得利用一些自然因素来处理简单的疾病。如：用粘土、蒜汁和草香涂在肢体上预防害虫，用温泉浴、披兽皮和灼热的细沙埋体来治疗关节疼痛，割破耳后静脉医治骑马性关节疼痛等。到公元前５世纪左右，维吾尔祖先已经有了较为先进的医药活动。
早在公元前4世纪前，古代维吾尔人的医药学基本思想已经形成，维吾尔族的医学理论是基于自然界的四大物质学说（火、气、水、土）。四大物质相对于生命的四种属性，是保持机体平衡的因素，哪个属性都不能缺少，既不能偏盛，也不能偏衰，否则就会影响机体的正常活动。
公元前400多年前塔里木河流域的于阗国（今新疆和田）的哈孜巴义编著的一本药书，其中包括312中草药、动物药和矿物药的药性、功能和主治等知识，曾吸引古希腊医学家非拉图的来访使者。希腊国王为得到此书，许诺为塔里木于阗国人建造宫殿，并为专程送药书的哈孜巴义的儿子陪嫁公主。维吾尔医药在当时的历史影响可见一斑。
成书于秦汉时期我国最早的医学典籍《黄帝内经素问异法方宜论》记载了古代维吾尔祖先已经了解到药物（包括“毒药”）的治疗作用。公元前136年，张骞出使西域，带回了许多西域药材，其中包括胡桃、胡蒜、石榴、红花、葡萄等。我国最早的药物学专著《神农本草》就收载了葡萄、胡麻、硫磺、鹿、羊角等西域药材。唐《新修本草》在《神农本草》基础上增添的114中药材多数是西域药材。
现在保存在德国等一些图书馆中的“于阗医学文献”记载了肿胀、疥癣、肌肤制白等病名和药方。公元8世纪，唐天宝年间，于阗古代维吾尔名医比吉？赞巴？希拉汗应吐蕃王邀请入藏，担任王室侍医，他先后译出《医学宝鉴》和介绍箭伤、脓伤、烧伤、恶疮治疗的多部医书。对以后藏医名著《四部医典》的产生起了很大作用。
隋唐时期，古代维吾尔医药学兴盛一时，远传至西安和东南沿海口岸，在当时的商业城市扬州，西域的商人、医生、僧侣络绎不绝。据有关书记载，高僧鉴真几次渡海失败，患眼疾失明，多方医治无效，后来请一位西域医生给他开刀手术，伤病痊愈后，顺利远渡日本传教。可见，当时维吾尔医具有相当高的外科手术技术。
维吾尔著名的科学家、哲学家、天文学家、医学家法拉比撰写《论人体学》等十几部著作，以四大物质学说论证了自然界和人体生理、病理变化的关系。不仅推动维吾尔医药高速发展，而且对伊本？西拿《医典》问世产生巨大影响。
出生在我国西域的著名科学家、哲学家、天文学家、医学家伊本？西拿，它的巨著《医典》总汇了医学各种知识，介绍了希腊、阿拉伯各国卓越的医学成就。这本书涉及到基础原理、病原、各科疾病、症疗、草药方剂等内容，具有很高的学术价值，成为维吾尔医药光辉的典范。