维吾尔药是维吾尔医防病治病的物质基础，也是能否保证维吾尔医疗效的重要标志。丰富的天然资源又是维吾尔药材的主要来源。维吾尔药自我国秦汉以来，经历代医药学家深入研究，不断增补和完善，据文献资料记载的就有1000多种植物、动物、矿物药材，其中最常用的有450余种。维吾尔医药与我国汉族中医药、占埃及、印度、古希腊、古罗马、阿拉伯、波斯等国的医药学又有着密切的联系，因此，维吾尔药资源具有在北非、南欧(地中海)、亚热带及北温带分布的规律。我国新疆属北温带地区，药材资源有：
一、植物类药材
1、野生类有：阿魏、锁阳、大芸、雪莲、甘草、贝母、麻黄、紫草、菊苣、阿里红、毒参、藏茴香、刺山柑、园柏、欧洲鳞毛蕨、华松罗、旱梅衣、石花、车前、天仙子、菟丝子、千叶蓍、茵陈、一支蒿、牛至、骆驼蓬、刺糖、心草、药蜀葵、睡莲、水菖蒲、茜草等约70种。
2、栽培的种类有：小茴香、孜然、洋茴香、阿育魏、芹菜、莳罗、黑种草、草红花、西红花、芫荽、罗勒、药西瓜、菘兰、玫瑰花、薄菏、巴旦杏等30多种。
二、动物类药材
海狸香、羚羊角、牛黄、鹿角、鹿茸、熊胆、雪鸡、环颈雉、沙鸡、蝮蛇、鬣晰、湖蛙、龙虱、家蟋蟀、全蝎等30多种。
三、矿物药类
大青盐、水银、朱砂、石膏、白矾、硇砂、密陀僧、玛瑙、滑石、硼砂、磁石、雌黄等约20种，合计150多种，约占维吾尔医常用药材的30％。
内地维吾尔药材资源主要分布在我国长江以南的广东、广西、福建、台湾、海南、云南、四川、江苏、浙江等省区。这些省区属热带、亚热带地区，主要有黑胡椒、白胡椒、荜茇、诃子、阿勃勒、余甘子、干姜、姜黄、莪术、荜澄茄、沉香、西谷米、柠檬、枸橼、椰子、香茅、巴豆、马钱子、肉豆蔻、槟榔、草果、丁香、苦楝子、肉桂、高良姜、土茯苓、骨碎补、大黄、黄连、木香、香附等180多种，约占常用药材的40％。
维吾尔药材在国外主要分布于北非的埃及、南欧(地中海一带)、亚洲阿拉伯半岛、伊朗、中亚、印度、巴基斯坦等国家和地区。主要药材有：安息香、苏合香、香没药树、洋橄榄、血竭、乳香、没药、没食子、马钱子、沉香、海葱、茄参、蜜蜂花、海狸香、龙涎香、洋乳香、浆果红豆杉、破布木果、洋菝葜、药喇叭根、番泻叶、欧细辛、檀香、西青果、沙龙子、欧当归、印度当药、西黄芪胶、非洲醉茄、亚麻车前、尤太石等150多种，约占维吾尔医常用药材的30％。