古代维族祖先的医药学基本理论，早在公元前4世纪前就已经形成，认为整个自然界以至整个宇宙的基础是由火、气、水、土四要素的矛盾和组合而构成；而人的生命是由自然界中四要素的组合才得以形成，同时也是在其经常的、直接的影响下才能得以维持的。这一唯物的自然观，后来被古希腊医生希波克拉底所接受，成了他们整个医药学观点的基础。希波克拉底青年时代曾生活在黑海北岸的塞种人中间，他在奠定他的整个医学观点的基础的《空气，水和土》一书写到自己曾是受益于塞种人的医药学。在培里克斯时代，塞种医师和巫师在希腊很受尊敬。古希腊医学着作被译成阿拉伯语以后，其四要素学说就正式成为以后时期的阿拉伯医学、中亚医药学的基础理论。公元前400多年前塔里木河流域绿州的哈孜巴义编着茴香、堇香、番泻叶、伤食、食盐等312种草药、动物药及矿物药性味、功能、主治的药书，曾吸引了古希腊医学家非拉图的来访使者，希腊国王为得到《药书》，许诺为塔里木于阗(今和田)人建造官殿。《素问·异法方宜论》记载：“西方者，金玉之域，沙石之处，天地之所收引也。其民陵居而多风，水土刚强，其民不衣而褐荐，其民华食而脂，故邪不能伤其形体，其病生于内，其治宜毒药，故毒药者，亦从西方来。”说明古代维族祖先早就了解药物的治疗作用。况且，应用毒药(强药)是用药水平的较高阶段。西汉张骞出使西域，带回了许多西域药材，其中包括胡桃、胡蒜、胡豆、石榴、红花、葡萄等。中原最早的药物学专着《神农本草》就收载葡萄、胡麻、硫黄、鹿、羊角等西域药材。《史记》中记载康居国的“浮苡草”，悦般国的“止血药”，龟兹国的“硫黄、雌黄、胡粉和沙盐绿”等。《隋书·经籍志》医方类有书256部，其中5～6部是西域名医着，如：《西域名医所集要方》4卷等，可惜早已失佚。其中有几部是龟兹国(今库车)名僧鸠摩罗什(公元344～413)所译着。他于383年开始传教，并译佛经，也翻译了佛教医学着作，其中包括他母亲耆婆(龟兹国王妹妹)的《耆婆五脏论》等。从《神农本草》到唐代《新修本草》共载850种药，其中首次增添的114种药物中多数是西域地道货，如：胡桐泪出车师(即龟兹)，绿盐出焉耆，硇砂出西戎(西域别称)，阿魏出昆仑等。《于阗医学文献》，两份保存基本完好的梵语韵体的医学文本译本是Ravigupta的《Siddhasaya》和《Jiyakapustaka》。这些文书的两本摹写本已为贝利刊布在《于阗语规范》里。于阗医学文献发现于古代于阗国早期的祠堂和寺院的遗址上，这些资料的大部分现都保存在德国等国各图书馆。就目前所知，《于阒医学文献》和其他于阗资料一样都出自于7～11世纪。文献中记述的治病的药方和药物，有的是应用葡萄干的药方。况且，在此以前流行于公元4～5世纪前鄯善、于阗和龟兹古代王国的去卢文医书中曾记载的肿胀，结节病，疥癣，怀胎，流胎，肌肤洁白，目洁眼明，及药物中的酥油、葡萄酒、石榴、茜草、胡椒、姜、小豆蔻、沙糖等都和今天维医学的病名，药方基本相同。
公元8世纪，唐天宝年间，于阗古代维吾尔名医比吉·赞巴·希拉汗应聘入西藏，担任王室侍医，曾将自己所着《医学宝鉴》《伤寒解义》《尸体图览》《甘露宝鉴》等10余种医书译成藏文献给藏王。藏王赤德祖赞(704～754年在位)令人将书集中收藏，统一命名为《王室养生保健全书》。吐蕃王朝第五代藏王赤松德赞(754～797年在位)即位后，继续以重金延聘各国名医入藏传授医术，编译医药着作，发展藏医药学。希拉汗曾与他人合写《汉地脉诊妙法》《消肿神方》《放血铁莲》《穿刺巧术》《养身晶珠》等30多部医药着作。他告老返回于阗前曾将有关人体解剖测量的书籍和包括诸论治疗，切脉秘诀等内容的医学巨着《黄色比吉经函》一起献给藏王。这些维医药着作对后来的藏医名着《四部医典》的产生起了很大的作用。9世纪中叶后期，生活在中国漠北的维吾尔族一部回纥，由于回纥汗国遭受饥荒和疾病，经济濒于崩溃，又为黠嘎斯所破，其大部分西迁，同原来就居住在新疆广大地区操焉耆、龟兹、于阗语的回鹘融合。公元9世纪左右的《回鹘医学文献》是反映当时高昌(今吐鲁番)回鹘王朝医学的珍贵资料，其内容毛括临床各科疾病、治疗及药方，疗法包括食疗、药疗、理疗、冷热敷、灸烙、放血、穿刺、清理伤口、骨折夹板固定、水疗、日疗及精神疗法；药物中牛角、尿、乳汁、羚羊角、斯迪系……牛、马、狼、人和兔胆汁、麝香、海狸香、硇砂、胡杨胶、桑椹干、柴白檀香、葡萄醋、黑胡椒、芝麻、蒜和自铅粉等。隋唐时代，古代维吾尔医药曾经兴盛一时，远传至西安和东南沿海口岸。扬州是当时的商业城市，西域的僧侣、商人也络绎不绝来到扬州。扬州高僧鉴真和尚为到日本去传教，因几次渡海失败，患眼疾失明，多方医治无效，后来曾请到一位西域回鹘医生给他做了手术后痊愈，重新起航去日本顺利地进行传教。由此可见，当时维医也有相当高的外科手术技术。维吾尔着名科学家、哲学家、天文学家、医学家法拉比(公元870～950年)有关医学的着作有十几部，有《论自然界》《论人体学》《论神经学》《器官的功能》《论自然物的热性、寒性、湿性、干性》等。他以四大物质(四要素)学说论证了自然界和人体生理、病理的变化关系。这不但对推动回鹘医学发展起了重要作用，而对他的间接学生伊本·西拿的《大医典》，甚至阿拉伯、中亚医学产生了巨大影响。
10世纪新疆处于喀拉汗王朝时期，维族开始信奉伊斯兰教，为此新疆阿图什设立了“麦德日斯·萨其也”(放光)学堂，它是包括医学专科在内的综合性科学院校。该校最着名的维医外科学家伊麻都丁·喀什格日是受人民尊敬的医师，他多次奔赴战场成功的完成了各种外科手术，他高超的医技和人道主义精神，博得了国王博格拉汗的恩赐，奖给了战马和战刀。他着《注大医典》《中国菝葜》等专着。虽然，维吾尔族由于喀拉汗王朝中期开始使用阿拉伯字母的察哈台文，许多回鹘文医着未能保存下来，但从当时的《福乐智慧》《突厥语大词典》及元代以后维医专着可验证有关回鹘医学大量资料。麻赫穆德·喀格里(1020～1080年)的《突厥语大词典》中记载的临床各科疾病，疗法及处方用药的格调与《回鹘医学文选》一脉相承，如：“给狂犬咬伤的人，服疯狗的脑就会好”，“对夜尿症，用骆驼肉和大麦混做饭，食用就愈”、“若牙疼，硼砂、麝香混合放在牙上”等上百种疗法及药名。《福乐智慧》的作者优素甫·哈斯·哈吉甫(1009～1070年)不但以长诗形式颂叙了喀拉汗王朝时期的政治、经济、文化繁荣发展的崭新面貌，同时又用医学思想阐述了人的生、老、病、死与自然界四要素(火、气、水、土)及人体气质、体液(胆液质、血液质、粘液质、黑胆质)的平衡有着密切的关系并介绍其治疗总则及20种剂型名称。12世纪初，西辽政权统治新疆至蒙古时期，和田一位着名的维医学家阿老丁·穆罕木德·和田尼(1150 1222年)着。Zubdatul Kawanil Ilaj(治疗精华)”及“Tibbi Fitki(法医)”，手抄本一直流传至今。同一时期，维吾尔医名医贾马力丁·阿克萨依出生在和田墨玉县阿克萨依村，他以本村名命名的维医专着《阿克萨依》于1899年在印度勒克瑙城正式出版，同时作为印度首都德里的伊斯兰医学院正式教材用到1929年。该书包括：维医基础理论、各科疾病及其治疗、药物及方剂等，是一部国内外享有很高声誉的维医药名着。
元代的统治阶级为了让更多的维吾尔(回鹘、回回、畏兀儿、哈喇鲁)人参政，并满足他们的要求，对回回医学也很重视，在大都和上都均设回回药物院，维药学家答里麻在1307年(仅19岁)任该院达鲁花赤(院长)，回回药物院扩建为广惠司后，回鹘外科医生聂只耳是任该司的令君。据库车17世纪维吾尔名医《西日甫·本·佳马力丁·阿吉传》记载：库车着名维医药学家胡都优木汗·阿吉(1567～1658)1619年参与《回回药方》36卷的编撰工作。据住在合州钓鱼山(四川合州)县行医的着名军医赤海牙和布鲁米希的儿子医师爱薛(1247～1318年)，均是元代维吾尔名医。《苏拉赫(明净)》是维吾尔科学家贾马勒·卡尔西(？～1322年)在喀什用波斯文撰写的维医学词汇为主的自然、地理、气象词典。同一时期居住在中原的维吾尔药学家萨德弥实有专着《瑞竹堂经验方》。维医营养学家忽思慧撰写的《饮膳正要》是中国古代一部饮食卫生与营养学专着(关于萨德弥实和忽思慧的族别，目前尚有争论——本书主编)。和田维吾尔名医毛拉·阿日甫(1556～1662年)着《Dasturul Ilaj》(医疗指南)；明清时期，维医药学知识在汉族中医药着作中有了更多的反映。如：明代的《本草纲目》中记载：阿魏、茜草、硇砂、胡黄连、胡麻、胡桃、胡葱、菠萝、茴香、红花、荜茇、刺糖、腽肭脐、腽肭兽、返魂香、大尾羊、黄羊、驼、酪、醍醐、羚羊角、金、玉、玛瑙等100多种。也有众多维医名医着作问世，如：17世纪维吾尔名医木拉德。拜克着《Agiraz Tibbi》(医学之目的)，18世纪莎车名医毛拉那·赛衣非的《木排日勒·库鲁比》，还有19世纪穆罕木德·热依木·沙·布瓦的《满百依·福瓦依》，赛依德·穆合塔尔·布拉克·拜克的《提比·西法》，霍加·热衣木·阿洪的《提比·充》，奥斯满·拜克的《夏拉依提·斯海提》，木拉德·拜克的《塔吉日巴提·提比也》，毛拉·玉素甫的《特日库力·依拉吉》，买买提明的《孜亚奥力·库鲁甫》及喀什名医拜德尔丁·苏皮·阿洪的《Xifail Kulub》(如意疗法)，等等。
近代，喀什、和田、吐鲁番地区有过不少有名望的维医药学家，对维医的延续和发展作出了卓越的贡献。如：维医学家太吉力(1848~1927年)的医学专着《太吉力验方》，1899年于喀什出版。还有许多手抄本至今散失在一些维医家手中。他创办的医学堂，经他教授出的徒弟和学生中，许多是中华人民共和国成立后维医事业发展的奠基人。如：喀什的玉素甫·阿吉，叶城的赛依汗，皮山的马苏·阿吉，和田的吐尔迪·阿吉等。
维医药学经过2500多年漫长而艰难的积累，不但为东西方医药学的发展做出了重大贡献，而且同时也吸收他们的精华，终于形成了比较完整的、独有特色的理论体系。即：四大物质学说、气质学说、体液学说、力学说、健康学说、疾病学说等解释人体与外界的相互辩证关系，创立了一套诊治疾病的治疗学说。
四大物质学说包括火、气、水、土；气质学说包括8种正常气质(热、湿、寒、干、干热、温热、温寒、干寒)和8种异常气质；体液学说包括正常体液(4种)和异常体液(4种)；力学说包括生命力、精神力(12种)和自然力(7种)；健康学说包括健康必须11种因素；疾病学说包括气质失调疾病(体液型及非体液型各8种)、形状改变型疾病、结构损伤型疾病及病级、病期、病危等；诊断学说包括七诊(即除了望、闻、问、切诊外还有尿诊、便诊和痰诊)；治疗学说包括护疗、食疗、药疗、手疗等4大疗法。药物学说包括草药、动物药、矿物药及其药物性味(将药性分为干、热、湿、寒及干热、湿热、湿寒、于寒，并将药物性味分1、2、3、4级)、矫正药、代用药等；制剂学说包括剂型，剂型分为膏状制剂(糖膏、蜜膏、苦膏、解毒膏、粗膏、仁膏、情舒膏、花膏、含膏、软膏、敷膏)12种，硬状制剂(片剂、小丸、肛门栓剂、耳鼻栓剂、阴道栓)5种，散状制剂(内服散、牙粉、眼粉、吹粉、口腔粉、冲剂)6种，液状制剂(糖浆、蒸露、果浆、煎汤、浸泡液、粘液、鼻闻液、洗脚液、油剂、灌肠液、滴液、酸液、注射液、口服液等)20多种，共60多种。各种制剂均有属性(干、湿、寒、热及干热、湿热、湿寒、干寒)，并且属性具有特定方法计算的性级，如：1、2、3、4级。
内科疾病多以内服药为主，非体液型气质失调疾病采用调正法，体液型气质失调疾病首先采用致病体液成熟法，第二步用致病体液排泄法，第三步才用主药根治法。还有熏药、坐药、放血、冷热敷、日光浴、温泉浴、埋热沙等20多种疗法。对肝胆疾病、消化疾病及白癜风、糖尿病、血管硬化性心脏病等有较高的疗效，在外科方面，在服药的同时采用烙法、热罨、披兽皮、结扎、手术、针刺、按摩、手法复位等20多种疗法。常用药已达800多种，制剂400多种，维吾尔医药学深受当地人民的欢迎，它在民族繁衍和卫生保健中做出了重大贡献。
近代，由于西洋医学的输入，维医药学与中医药学一样也面临受排挤、歧视，甚至灭亡的境地，中华人民共和国成立之后，维吾尔医药学获得了新生。特别是自从1978年改革开放以来得到了空前的发展。在新疆维吾尔自治区，地、州、市、县创办了48所维医医院或西医医院内开设维医科，还创立了新疆维医专科学校和新疆维医研究所，开展了医、教、研工作。有名望、真才实学的维医人员被授予相应的职称，鼓励他们带徒弟，总结经验，着书立说。新疆维医研究所同自治区、喀什、和田、吐鲁番4家维医医院结合现代科学技术对剂型改革、白癜风、糖尿病、冠心病进行了研究，已取得较好的成果，其中治疗白癜风的成果荣获新疆科学大会“优秀科研成果奖”。这些辛勤耕耘的科技成果，都离不开维医前辈的共同努力，他们为发展维医药事业留下了宝贵财富。如：已故的喀什维医医院创建人玉素甫·阿吉生前编着的。《卡祖农》(小医典)，已故和田维医医院吐迪·买买提医师编着的《维医治疗手册》及已故吐迪·阿吉维医主任医师的《维医处方集》，已故阿图什维医沙木沙克主任医师着《骨伤科治疗学》，已故的乌鲁木齐维医医院(现自治区维医医院)主要创建人之一巴义·阿洪主任医师着《维医常识》等医书已出版发行。新疆卫生厅主编由新疆卫生出版社出版的有《维医常用药材》《维医常用制剂》及维医中专、大专基础理论、内、外、妇、儿、五官科等一套11本教材。在中华人民共和国卫生部的统一安排，新疆卫生厅的支持下完成了《中国医学百科全书·维医药学分卷》的编写、出版任务，其中第二册荣获首届中国民族图书一等奖。新疆维吾尔医研究所主办的《维吾尔医药》杂志荣获全疆科技期刊评比一等奖。维医电脑诊治系统荣获全国中医药博览会“神农杯”奖，等等。
维吾尔医药学象一颗明珠镶嵌在中国的医药学宝库之中，光辉灿烂，为保证中国各族人民的健康事业继续做出贡献，并将会为全人类的保健事业做出应有的贡献。