蒙古族医药是在长期的医疗实践中逐渐形成与发展起来的传统医学，其历史悠久，内容丰富，是蒙古族同疾病作斗争的经验总结和智慧结晶，也是一门具有鲜明民族特色、地域特点的医学科学。它不仅有着丰富的医疗实践，而且具有独特的理论体系和诊疗经验。
早在12世纪以前，蒙古族人民就发明和运用了许多适合地区特点的医疗方法。13世纪初，成吉思汗统一了蒙古各部后，随着社会经济文化的发展，在原有的医疗经验上逐步形成了具有初步基础理论与实践经验的古代蒙医药。后来又吸收了藏医、汉族传统医学和古代印度医学的基础理论和医疗经验，发展成为独具特色的医学理论体系。
蒙医药是蒙古族丰富文化遗产的一部分，也是祖国医学的重要组成部分。蒙医以“三根”学说为主要理论基础(三根——赫依、希拉、巴达干)，同时还包括阴阳五行、五元学说、七素及六基症学说。蒙医治病方法，除药物治疗以外，还有传统的灸疗、针刺、正骨、冷热敷、马奶酒疗法、饮食疗法、正脑术、药浴、天然温泉疗法等。
13世纪初，成吉思汗统一了辽阔的大漠南北各部落，建立了蒙古帝国，蒙古社会进入了新的历史发展阶段。随蒙古帝国的兴起和强大，同国内各兄弟民族，特别是同汉、藏族之间的往来更加密切，与印度、阿拉伯和欧洲等国家的通商及文化交流也随之开始，蒙古族经济、文化得到了全面发展，蒙医传统疗法及临证用药、理论、实践等诸方面得到了进一步的发展与提高。17世纪以后，蒙医学家将藏医、印度医学的理论与蒙古传统医药结合起来，编撰了大量的蒙医药着作，为蒙医药的发展奠定了理论基础。18世纪，蒙医学家伊希巴拉珠尔在《甘露汇集》中首次提出了“六种基本病症”理论(赫依、希拉、巴达干、血液、希拉乌素、粘虫)等蒙医独特的“六基症”理论，补充和发展了《四部医典》的内容。元代饮膳太医、蒙古族营养学家忽思慧，用汉文编着了《饮膳正要》一书，内容丰富，图文并茂，记载了大量的蒙古族饮食卫生及饮食疗法、各种食物、有关验方和营养学方面的内容，此书成为我国最早的营养学专着，生活在草原、森林地区的蒙古人对草药的知识掌握比较多，随着他们与国内兄弟民族和阿拉伯、印度以及欧洲国家之间的经济、文化交流的不断发展，不仅推动了社会的进步，同时也推动了中外医药学知识方面的联系和交流，内地和国外的药物也不断传入到蒙古地区，特别是西域人(泛指新疆和阿拉伯地区)的药物大量进入蒙古地区，1292年元统治者在今内蒙古锡林郭勒盟正兰旗所建的避署行宫设立了“回回药物院”。1576年后，藏医经典着作随西藏黄教传到蒙古地区。古印度大藏经《甘珠尔》、《丹珠尔》于17世纪被译成蒙文，其中包括古代印度“阿输吠陀”(Ayur．Veda)医学巨着。这些医着在蒙医的发展史上发挥了重要作用。
据史料记载：从13世纪到17世纪初，广大蒙古地区出现了不少民间医疗方法及方药，如酸马奶疗法，瑟必素疗法(蒙古语，即用牛羊等动物胃内反刍物做热敷的一种热罨疗法)，矿泉疗法，灸疗法，拔火罐疗法，正骨疗法，饮食疗法以及民间用药方法是这个时期的产物。
蒙古灸疗术是在热罨疗法的基础上发展起来的。蒙古族使用灸疗法较早。藏医《四部医典》中就有“蒙古灸疗”的记载。中医《内经·异法方宜论》中也提到：“北方者，天地所闭藏之地也。其地高陵居，风寒冰冽。其民乐野处而乳食。藏寒生满病，其治宜灸熵。故灸嫡者，亦从北方来。”所指“北方”，虽然没有直接指明是内蒙古地区，但据当时所说的“北方”和“其民乐野处而乳食”。显然是包括内蒙古地区和蒙古民族的祖先居住的地方。
蒙医外伤治疗与正骨法，据史书记载，形成较早。由于古代蒙古族从事畜牧业和狩猎业，经常发生战争，在骑马、射箭、摔跤中经常发生跌伤、骨折、脱臼、脑震荡等创伤。因此，他们积累了丰富的正骨及治伤经验，并对于各种兵器刀剑创伤也总结了不少医疗方法，在《蒙古秘史》中就有这方面的记载。蒙古族饮食疗法也属于蒙医的传统疗法之一。蒙古族人民中流传着这样一句民间谚语：“病之始，始于食不消；药之源，源于百煎水。”诸如奶食、肉食、骨汤之类，只要食用适当，都可以起到滋补、强身、防病、治病的作用。这是古代蒙古人从长期的生活实践中总结出来的饮食疗法的前身，在《蒙古秘史》中也有这方面的记载。
在药物学方面，蒙医药家们创造了适合于本地区实际情况的独特的配制法和用药法等。同时还吸收了西藏、印度等地区和兄弟民族的药物学理论知识，使自己的药物学理论不断完善和发展。
在17～18世纪涌现出很多着名的药物学家、方剂学家和蒙药着作。如伊希巴拉珠尔撰写的《认药白晶药鉴》一书就是内容比较丰富的蒙药学着作；18世纪药物学家罗布桑苏勒和木撰写了《认药学》四部书，即《珠宝、土、石类认药学》《木、汤、滋补类认药学》《草类认药学》《盐、灰、动物类认药学》，主要阐述了药物的形态，为认药、采药和研究药物提供了依据。这一时期还有官布扎布编着的《药方》，是以蒙药验方为主，兼收印度、汉、藏、回等药方的一部书。19世纪，蒙药学家占布拉道尔吉撰写的《蒙药正典》，是一部蒙药学经典，书中分别以蒙文、藏文名词并列对照，还附有579幅图。蒙医药家敏如尔·占布拉却吉丹桑璞仁来所着的《方海》则是一部完整的蒙药方剂学经典。
蒙医诊断学是以《四部医典》为理论依据，问、望、切三诊为主的诊断学。18世纪罗布桑苏勒和木写的《脉诊概要》和伊希巴拉珠尔写的《甘露之泉》等书中阐述了“切脉、检尿、问诊、凭经验诊察，舍取诊察”等五种诊察法，19世纪，蒙医学家罗布桑却配勒编着的《蒙医药选编》是一部以临床各科疾病的诊治为主，包括基础理论、药物、术疗等内容的综合性医着。20世纪，蒙医学家吉格木德丹金扎木苏编着的《观者之喜》，主要介绍诊断知识，并论述了单味药的性能及临床各科疾病常用的验方等。19世纪术，蒙医学家伊希丹金旺吉拉编着的《珊瑚验方》一书，以临床各科疾病的诊治为主并吸收了药物炮制法。以上医着，对疾病的诊断，均有专章论述。
蒙医教育方面：古时蒙医教育主要由祖传或者师带徒的方式继承。到17世纪以后，随西藏黄教的传布，蒙古各地兴建寺庙，在较大的寺庙里设立了“曼巴札仓”的蒙医学校，如辽宁省阜新县蒙古勒金格根庙的曼巴札仓，内蒙古伊克昭盟鄂托克旗阿尔巴斯山的曼巴札仓等，都是清代较早成立的医药学校。“曼巴札仓”虽然隶属于寺庙，且有佛学教育的形式，但也是医学教育的基地。“曼巴札仓”有组织有系统的蒙医药学教育，为蒙医药学的继承发展起到了积极作用。近代着名蒙医学家多数出自“曼巴札仓”。
以上内容使蒙医药学日趋完善，发展成了具有游牧民族医药特点和地域特点的近代蒙古医药。为保障人民的健康及蒙古民族的繁衍生息做出了贡献。