蒙医药是蒙古族丰富文化遗产的一部分，也是祖国医学的重要组成部分。蒙医以“三根”学说为主要理论基础（三根——赫依、希拉、巴达干），同时还包括阴阳五行、五元学说、七素及六基症学说。蒙医治病方法，除药物治疗以外，还有传统的灸疗、针刺、正骨、冷热敷、马奶酒疗法、饮食疗法、正脑术、药浴、天然温泉疗法等。
13世纪初，成吉思汗统一了辽阔的大漠南北各部落，建立了蒙古帝国，蒙古社会进入了新的历史发展阶段。随蒙古帝国的兴起和强大，同国内各兄弟民族，特别是同汉、藏族之间的往来更加密切，与印度、阿拉伯和欧洲等国家的通商及文化交流也随之开始，蒙古族经济、文化得到了全面发展，蒙医传统疗法及临证用药、理论、实践等诸方面得到了进一步的发展与提高。
17世纪以后，蒙医学家将藏医、印度医学的理论与蒙古传统医药结合起来，编撰了大量的蒙医药着作，为蒙医药的发展奠定了理论基础。18世纪，蒙医学家伊希巴拉珠尔在《甘露汇集》中首次提出了“六种基本病症”理论（赫依、希拉、巴达干、血液、希拉乌素、粘虫）等蒙医独特的“六基症”理论，补充和发展了《四部医典》的内容。
元代饮膳太医、蒙古族营养学家忽思慧，用汉文编着了《饮膳正要》一书，内容丰富，图文并茂，记载了大量的蒙古族饮食卫生及饮食疗法、各种食物、有关验方和营养学方面的内容，此书成为我国最早的营养学专着，生活在草原、森林地区的蒙古人对草药的知识掌握比较多，随着他们与国内兄弟民族和阿拉伯、印度以及欧洲国家之间的经济、文化交流的不断发展，不仅推动了社会的进步，同时也推动了中外医药学知识方面的联系和交流，内地和国外的药物也不断传入到蒙古地区，特别是西域人（泛指新疆和阿拉伯地区）的药物大量进入蒙古地区，1292年元统治者在今内蒙古锡林郭勒盟正兰旗所建的避署行宫设立了“回回药物院”。1576年后，藏医经典着作随西藏黄教传到蒙古地区。古印度大藏经《甘珠尔》、《丹珠尔》于17世纪被译成蒙文，其中包括古代印度“阿输吠陀”（Ayur．Veda）医学巨着。这些医着在蒙医的发展史上发挥了重要作用。
据史料记载：从13世纪到17世纪初，广大蒙古地区出现了不少民间医疗方法及方药，如酸马奶疗法，瑟必素疗法（蒙古语，即用牛羊等动物胃内反刍物做热敷的一种热置疗法），矿泉疗法，灸疗法，拔火罐疗法，正骨疗法，饮食疗法以及民间用药方法是是这个时期的产物。蒙古族饮食疗法也属于蒙医的传统疗法之一。
蒙古族人民中流传着这样一句民间谚语：“病之始，始于食不消；药之源，源于百煎水。”诸如奶食、肉食、骨汤之类，只要食用适当，都可以起到滋补、强身、防病、治病的作用。这是古代蒙古人从长期的生活实践中总结出来的饮食疗法的前身，在《蒙古秘史》中也有这方面的记载。
在药物学方面，蒙医药家们创造了适合于本地区实际情况的独特的配制法和用药法等。同时还吸收了西藏。印度等地区和兄弟民族的药物学理论知识，使自己的药物学理论不断完善和发展。在17～18世纪涌现出很多着名的药物学家、方剂学家和蒙药着作。如伊希巴拉珠尔撰写的《认药白晶药鉴》一书就是内容比较丰富的蒙药学着作；18世纪药物学家罗布桑苏勒和木撰写了《认药学》四部书，即《珠宝、土、石类认药学》《木、汤、滋补类认药学》《草类认药学》《盐、灰、动物类认药学》，主要阐述了药物的形态，为认药、采药和研究药物提供了依据。
蒙医治疗强调“治未病”、“求本”、“扶正祛邪”、“调理三根”和“因人、因时、因地制宜”等治疗原则。
蒙医认为：疾病是在各种致病因素的影响下，三根出现偏盛偏衰、失去相对平衡的情况下产生的，只有保持三根互相协调，才能维持人体正常的生理功能，身体方能健壮无病。因此，治疗一切疾病的过程，实际上就是调整赫依、希拉、巴达干三者，使之趋于平衡的过程。
其中，内科疾病多以内服药为主，同时配合外治放血、薰蒸、冷热敷、湿药浴、银针等多种疗法。临床过程中，要注意在正确区分不同的体质特征（包括赫依型、希拉型、巴达干型及聚合型四种），仔细辨别疾病的诱发因素（包括饮食、起居、时令和突发因素等四种），认真分析病因病机（包括赫依、希拉、巴达干、血、黄水、粘虫六因，也称六基症）和疾病性质（概括为寒热两类）的基础上，根据具体病种的不同特点，分清主次，采用不同的治疗原则和治疗方法。同时，要密切注意和防止疾病的转化，如瘟热病尚未成熟时，要注意防止转化为空虚热；治疗毒热症与包如病时，要注意防止其转化为陈热病，巴达干病与希拉病治疗，要注意防止其转化为隐伏热症等等；要特别注意不要被疾病的假象所蒙蔽，诊断要正确，误诊要及时纠正，而后确立治则治法和投药，如：毒症，包如病、陈热三种疾病，其症状极易相混，如诊断不清，就会造成治疗误差，而不能获得根本的疗效。
总之，蒙医治疗疾病一般采取以药物、外治、饮食起居等多种疗法相结合综合性治疗手段。针对赫依、希拉、巴达干三大类疾病的不同特点，其治疗原则及疗法、用药大致如下：
赫依性病：由赫依偏盛而引起的诸病症的共同症状为呵欠、伸腰、恶寒战栗、腰髓关节酸痛，游走性刺痛，空呕，五官功能减弱，消瘦，皮肤发黑，活动时周身疼痛，多在空腹，受风寒侵袭，以及黎明、下午14～18时发作。治疗原则：补益正精镇赫依，活气血，并根据疾病的不同类型随证施治。药物一般用阿魏三味汤，沉香四味汤等药；进食骨汤、陈红糖、大蒜等。
希拉病：本质上属热症。诸病总的症状为口苦，烧心，头痛，发烧，局部固定性刺痛或作痛，颜面及全身皮肤微黄，腹部膨大，吐泻胆汁，脊椎第二节等处希拉主穴有压痛，在中午、午夜时出现病痛加剧现象。治疗原则：一般在饮食、起居和药物等方面，施以凉性疗法，宜先调胃火扶正精，清希拉和血热之邪，并用攻泻剂及放血疗法等随症施治。药物可投六雄汤、苦参六味汤、柿子六味散、查干榜十三味散、槟榔四味散、胡连十六味散等攻泻剂。为了清除热邪余毒，可选用清希拉缓泻剂，引用大黄地丁汤送服；藜格丹十三味散，引用大黄三味汤送服，外治可针对病情，取金柱脉、银柱脉及肝胆合脉微量放血、并辅以冷罨。
巴达干病：一切寒症之根源为巴达干。巴达干增盛所致诸病为食欲不振，消化不良，恶心或呕吐，胃胀闷，嗳气频作，味觉不敏，身感沉重，情志懈怠，神志迷糊常有寒冷之感，食后或阴天潮湿时易发作，尤以昼夜两者之初（早晨及晚间6～10时左右）发作较多。脊椎第三节及胃穴等巴达干主穴有压痛。治疗原则：以温热为宜，消除巴达干为原则，并随症施治。药物一般用光明盐三味汤和光明盐四味汤、紫硇砂五味汤等剂酌情服用。散剂：甘草十四味散，青龙二十六味散等。
外治方面，为了扶振胃火、清除巴达干，据病情，可在脊椎第三节、第十二节穴、胃前三穴等巴达干总穴施以针刺或艾灸或热敷。内服胡椒、蜂蜜为宜。
在长期临床实践中，蒙医还逐步总结了一些经验性习惯用药或疗法，如治疗各种疾病，单味药中诃子为良好；对血病、内服巴沙、胡黄连为佳；黄水病用水银，虫病内服信筒子，粘性疾病内服黑云香、麝香等，效果显着；对消化不良，紫硇砂是良药；对毒症包如病，用寒水石，疗效显着；浮肿用女贞子、铁屑；热症用牛黄；心脏病用肉豆蔻，疗效均显着；肺病用石膏；肝病用红花、五灵脂；脾病用草果、荜茇为良方；胃病用石榴为上；呕吐病用炒大米；腹泻病常用止泻子施治；尿频症用栀子、姜黄、黄柏，尿闭症用硇砂、海金砂医治；咳嗽用茵陈、悬钩子木为佳；肋胁刺痛用川木香医治；疯癫病用陈旧黄油为佳；眼病用黄柏膏、三籽膏；口腔疾病用甜味药或用皂矾或狼舌为佳；咽喉病用鱼汤施治；创伤用熊胆效果良好；腐烂用银珠灰，止血用独活虫为好。
在外治方面，赫依性疾病多用擦涂按摩疗法和温和导泻施治；希拉性疾病用药浴疗法下泻疗法施治；巴达干性疾病用催吐法及火灸法施治；血症用放血疗法施治；黄水病用温泉沐浴及火灸法施治；疖痛用药水浸浴及火灸法施治；毒证用酸马奶施治。
蒙医饮食分为食物和饮料两大类。
食物类包括粮食类、肉食类、油脂类、乳食类、蛋类、水果类、蔬菜类、熟食类和调味品等共9大类；饮料包括水类、奶类制饮料、茶类、酒类等4类，总计包括近200种饮食。开发利用蒙医饮食具有较高的经济价值和社会效益。如：在蒙医饮食疗法理论基础上，对“酸马奶疗法”的研究已由传统制作工艺、实验研究提高到临床应用的研究上。
酸马奶含有丰富的维生素、微量元素和多种氨基酸等营养成分。实验研究和临床研究都证明了酸马奶对高血压、冠心病、瘫痪、肺结核、慢性胃炎、十二指肠溃疡、胃神经官能症、结肠炎、肠结核、糖尿病等症的预防和治疗作用非常明显，其开发利用潜力很大。沙棘有明显的止咳祛痰、活血散瘀、消食化滞等功能，经化学分析和药理实验，目前已研制开发出沙棘饮料等各种健身饮料和美容化妆品。饮茶是蒙古族的最大嗜好之一，茶叶是他们日常生活的必需品。奶茶，又叫蒙古茶，是蒙古族最喜欢的传统饮料，一日三餐都要喝茶。不仅有饮用茶树所产的各种茶叶的传统，而且还有把其他植物用作茶叶的传统。据有关资料，内蒙古地区蒙古族民间传统利用的茶用植物约有12科28种，其中有些种类的茶用部位亦入药，通过进一步的分析研究，选择出药用价值较高的种类，可以开发新药物和药用茶。此外，还有杏仁、麦饭石等重要蒙药材，亦已经研制开发利用。
蒙古族饮食疗法也属于蒙医的传统疗法之一。蒙古族人民中流传着这样一句民间谚语：“病之始，始于食不消；药之源，源于百煎水。”诸如奶食、肉食、骨汤之类，只要食用适当，都可以起到滋补、强身、防病、治病的作用。