蒙医药理论体系的显着特点是：以阴阳五元学说为指导的整体观和对六基症的辨证施治。六基症理论为“赫依、希拉、巴达干、血液、黄水、粘虫”。把疾病的本质归纳为寒热两种，把发病部位归纳为脏腑、黑脉、白脉、五官等。
蒙医理论明确指出，发病本身的内在条件是指三根七素，即内因，致病因素指外界因素，即外缘。在正常情况下，三根七素各有特点，自具其能，密切联系，共同担负着人体正常生理功能活动，保持对立统一的相对平衡状态。这是人体健康的基本原因。在各种致病因素的影响下，三根出现偏盛偏衰等反常状态而失去平衡时，就产生疾病，这是病理活动的基本原因。三根七素是人体进行生命活动的能量与物质基础，并且也是产生一切疾病的根本因素。对于人体生理功能和病理机制，均以三根的生成变化为理论根据。