蒙医治疗强调“治未病”、“求本”、“扶正祛邪”、“调理三根”和“因人、因时、因地制宜”等治疗原则。
蒙医认为：疾病是在各种致病因素的影响下，三根出现偏盛偏衰、失去相对平衡的情况下产生的，只有保持三根互相协调，才能维持人体正常的生理功能，身体方能健壮无病。因此，治疗一切疾病的过程，实际上就是调整赫依、希拉、巴达干三者，使之趋于平衡的过程。
蒙医治疗疾病的方法很多，除了药物治疗以外，还有多种独特的治疗方法，如放血疗法、火灸疗法、穿刺疗法、正骨疗法、震脑术、罨敷疗法等外治法。
其中，内科疾病多以内服药为主，同时配合外治放血、薰蒸、冷热敷、湿药浴、银针等多种疗法。临床过程中，要注意在正确区分不同的体质特征(包括赫依型、希拉型、巴达干型及聚合型四种)，仔细辨别疾病的诱发因素(包括饮食、起居、时令和突发因素等四种)，认真分析病因病机(包括赫依、希拉、巴达干、血、黄水、粘虫六因，也称六基症)和疾病性质(概括为寒热两类)的基础上，根据具体病种的不同特点，分清主次，采用不同的治疗原则和治疗方法。同时，要密切注意和防止疾病的转化，如瘟热病尚未成熟时，要注意防止转化为空虚热；治疗毒热症与包如病时，要注意防止其转化为陈热病，巴达干病与希拉病治疗，要注意防止其转化为隐伏热症等等；要特别注意不要被疾病的假象所蒙蔽，诊断要正确，误诊要及时纠正，而后确立治则治法和投药，如：毒症，包如病、陈热三种疾病，其症状极易相混，如诊断不清，就会造成治疗误差，而不能获得根本的疗效。
蒙医药物内治法常用平息与清泻两类药物。平息药又有寒性与热性之分，清泻药又分缓、急两种，治疗时应根据不同的病情辨证选用。并恰当地选择药性及剂型，如汤剂、散剂、丸剂、膏剂、药油、油疗剂、泻剂、催吐剂、鼻药、温和导剂、猛烈导剂、脉泻剂等。
总之，蒙医治疗疾病一般采取以药物、外治、饮食起居等多种疗法相结合综合性治疗手段。针对赫依、希拉、巴达干三大类疾病的不同特点，其治疗原则及疗法、用药大致如下：
赫依性病：由赫依偏盛而引起的诸病症的共同症状为呵欠、伸腰、恶寒战栗、腰髋关节酸痛，游走性刺痛，空呕，五官功能减弱，消瘦，皮肤发黑，活动时周身疼痛，多在空腹，受风寒侵袭，以及黎明、下午14～18时发作。治疗原则：补益正精镇赫依，活气血，并根据疾病的不同类型随证旋治。药物一般用阿魏三味汤，沉香四味汤等药；进食骨汤、陈红糖、大蒜等。
希拉病：本质上属热症。诸病总的症状为口苦，烧心，头痛，发烧，局部固定性刺痛或作痛，颜面及全身皮肤微黄，腹部膨大，吐泻胆汁，脊椎第二节等处希拉主穴有压痛，在中午、午夜时出现病痛加剧现象。治疗原则：一般在饮食、起居和药物等方面，施以凉性疗法，宜先调胃火扶正精，清希拉和血热之邪，并用攻泻剂及放血疗法等随症施治。药物可投六雄汤、苦参六味汤、柿子六味散、查干榜哦十三昧散、槟榔四味散、胡连十六味散等攻泻剂。为了清除热邪余毒，可选用清希拉缓泻剂，引用大黄地丁汤送服；藜格丹十三味散，引用大黄三味汤送服，外治可针对病情，取金柱脉、银柱脉及肝胆合脉微量放血、并辅以冷罨。
巴达干病：一切寒症之根源为巴达干。巴达干增盛所致诸病为食欲不振，消化不良，恶心或呕吐，胃胀闷，嗳气频作，味觉不敏，身感沉重，情志懈怠，神志迷糊常有寒冷之感，食后或阴天潮湿时易发作，尤以昼夜两者之初(早晨及晚间6～10时左右)发作较多。脊椎第三节及胃穴等巴达干主穴有压痛。治疗原则：以温热为宜，消除巴达干为原则，并随症施治。药物一般用光明盐三味汤和光明盐四味汤、紫硇砂五味汤等剂酌情服用。散剂：甘草十四味散，青龙二十六味散等。外治方面，为了扶振胃火、清除巴达干，据病情，可在脊椎第三节、第十二节穴、胃前三穴等巴达干总穴施以针刺或艾灸或热敷。内服胡椒、蜂蜜为宜。
在长期临床实践中，蒙医还逐步总结了一些经验性习惯用药或疗法，如治疗各种疾病，单味药中诃子为良好；对血病、内服巴沙哦、胡黄连为佳；黄水病用水银，虫病内服信筒子，粘性疾病内服黑云香、麝香等，效果显着；对消化不良，紫硇砂是良药；对毒症包如病，用寒水石，疗效显着；浮肿用女贞子、铁屑；热症用牛黄；心脏病用肉豆蔻，疗效均显着；肺病用石膏；肝病用红花、五灵脂；脾病用草果、荜茇为良方；胃病用石榴为上；呕吐病用炒大米；腹泻病常用止泻子施治；尿频症用栀子、姜黄、黄柏，尿闭症用硝砂、海金砂医治；咳嗽用茵陈、悬钩子木为佳；肋胁刺痛用川木香医治；疯癫病用陈旧黄油为佳；眼病用黄柏膏、三籽膏；口腔疾病用甜味药或用皂矾或狼舌为佳；咽喉病用鱼汤施治；创伤用熊胆效果良好；腐烂用银珠灰，止血用独活虫为好。
在外治方面，赫依性疾病多用擦涂按摩疗法和温和导泻施治；希拉性疾病用药浴疗法下泻疗法施治；巴达干性疾病用催吐法及火灸法施治；血症用放血疗法施治；黄水病用温泉沐浴及火灸法施治；疖痛用药水浸浴及火灸法旋治；毒症用酸马奶施治。
随着科学技术的发展，蒙医外治法的内容不断得到丰富，临床应用日趋广泛，并正在利用现代科学手段，进行研究和逐步加以提高。
一、放血疗法
在一定的部位，将浅部脉道(静脉)切开或穿破，进行放血，借以引出病血，达到治疗和预防疾病的目的。放血疗法多适用于由血、希拉引起的热性疾病，如伤热扩散、骚热、疫热、疖肿、疮疡、痛风、索日亚(结核病)、丹毒、黄水病、麻风等热症。巴达干与赫依引起的寒症，若与血和希拉合并时，亦可采用放血疗法。放血法分术前准备、正式放血两个步骤。放血时应用特别放血器具——哈努尔，于特定的“部位”进行放血。、
二、拔罐穿刺法
本法是拔罐与放血结合的外治法：先固定某一部位进行拔罐，取罐后在隆起部位用三棱针或皮肤针浅刺几下，再行拔罐，吸出恶血与黄水，而达到改善气血运行，治疗疾病的目的。多选择肌肉丰满、富有弹性、没有毛发和骨骼凹凸的部位进行。其特点是见效快，疗程短，简便易行，病人无痛苦，没有危险性。根据临床经验，在肺大叶穴或肺小叶穴用此法施治，对气管炎、哮喘病有显著疗效，在第一胸椎或胸椎棘突与肩胛骨内上缘之间进行拔罐穿刺，对血脉黄水病引起的肩背拘急，颈项强痛，肘臂麻木等，有显著疗效。
三、灸疗术
灸疗术是用灸草柱或灸草条在体表一定的穴位上烧灼、熏熨的一种疗法。灸疗术分蒙古灸、白山蓟灸、西河柳灸、温针灸。
四、酸马奶疗法
酸马奶疗法是蒙古民族的一种传统的饮食疗法。具有强身、治疗各种疾病的功效，尤其对伤后休克、胸闷心前区疼痛疗效显著。据研究，酸马奶中有多种有益于身体的有效成分。如糖、蛋白质、脂肪、维生素等，特别是维生索c含量较大，还有氨基酸、乳酸、酶、矿物质以及芳香性物质和微量元素。
五、药浴
蒙医药浴有悠久的历史，备受各族患者的欢迎。药浴主要是用五味甘露汤煎汤进行温浴。其配方为照白杜鹃、侧柏叶各一份：水柏枝、麻黄各2份，小白蒿3份，以上五味药为主药，根据不同病情可以适当配伍其他药物。将五味药物放入煮沸器中，加满清水，重复煎煮，待煎至药液剩4／6时，取出一部分药汁，再加清水煎煮，待干去7／10，剩余三分时，过滤其药渣，将二次药汁合并，即可入浴。
药浴以7～21天为一疗程，每天入浴。浴时先将药水加热至适当温度，入水浸浴，水温须始终保持适度。在药浴过程中每天需添煮少量的五味甘露汤，以补充药力。药浴具有祛巴达干、清热解毒、活血化瘀、益肾壮腰等功能。用以治疗四肢僵直或拘挛，胃火衰败、脾血不足，肾脏病、皮肤病等，效果显著。
六、蒙医正骨术
蒙医正骨术是历代正骨医学家们所积累的具有民族特色的治疗各类骨折与关节脱位、软组织损伤等一系列病症的疗法。其方法简炼、疗效明显。蒙医正骨术分整复固定、按摩、药浴治疗、护理和功能锻炼等6个步骤进行。有固定的矫形器械和支架，如凸面青铜镜或银杯、圆形银镘、蛇蛋花宝石、夹板、压垫、缚带、沙袋、绷带等。当用器械固定时，先用烈性白酒充分喷洒在伤肢骨折处和关节等部位，再进行揉捋按摩。有解毒、舒筋和活血的作用。正骨术实际上包括了：骨折整复手法、骨折按摩法，以及蒙医震脑术等各种正骨疗法。
七、蒙医震脑术
“震脑术”是蒙古族民间广为流传具有悠久历史的一种专治脑震荡的奇特疗法。具有取材容易，便于掌握，用之有效等特点。
治疗原理：随着临床经验的积累和解剖知识的进一步发展，蒙医震治脑震荡的理论体系和手法渐趋完善。“震脑术”是以具有朴素辩证观点的“以震治震，震静结合，先震后静”学说为临床指导思想。根据不同的震荡部位及病情轻重，选用不同程度、不同方式的各种震脑术进行震治。蒙医认为脑震荡属头部内伤范畴，分“脑气震荡”和“脑髓震荡”两类。“以震治震”是蒙医治疗脑震荡的基本原理。
此外，蒙医的外治法还有罨敷法、涂擦疗法、油脂疗法、泻下法、鼻药疗法、温和导泻法、猛烈导泻法、脉泻疗法等等。