同治十一年二月，保安人民与回、东乡、撒拉等民族人民一起起义，反抗清王朝的统治，在河州太子寺南面的新路坡，打败了清军，但由于领导这起义的马占鳌最后向左宗棠投降，使得这次起义以失败而告终。
保安族的族称来源于原居住地保安城，保安族原居住在青海省同仁县隆务河边的保安城、下庄、尕沙日一带，这里原来居住的都是藏族。大约从元代开始，蒙古人进入西北藏族地区。
公元1227年成吉思汗攻取西夏五城兴庆府，夺得积石州后，连河州也相继变成了蒙军的重要据点。
公元1247年，西藏萨班会冗蒙古太子阔瑞后，蒙古军在西藏地区的往来也相当频繁，保安一带已成为兵家必争的交通要道。明万历年间曾在青海省同仁地区设置保安营，修建了保安城。明末清初以来，保安地区已形成了有藏、汉、蒙古、回、土、撒拉等多民族大杂居小聚居的“四寨子”——尕撒尔、年都乎、吴屯、保安。清咸丰、同治年间迁徙到甘肃省积石山。1952年根据本民族的意愿，由国家正式定名为保安族，并成立了以“保安三庄”区域为主的保安族自治乡。