保安族作为一个单一的民族，是在新中国成立后的1952年3月20日，由政务院批准确认的。在以往的历史上，保安族一直被称为“保安回”。保安族于清咸丰、同治年间前后，从青海同仁地区迁居到甘肃大河家地区，重新建立了新的家园。
保安族原先居住的同仁地区，在明末清初时就已形成了多民族大散居和小聚居的尕沙日、年都乎、点屯和保安“四寨子”。保安人聚居的尕沙日、保安和下庄三地被称为“保安三庄”。
“保安三庄”四周邻庄均为藏族或土族的部落，俗称“保安十二族”，是指保安地方的十二个以藏族、土族为主聚居的部落。保安地区早在明朝洪武年间就由明政府建立了“保安堡”。到万历年间扩建为保安城，隶属河州卫，置都指挥管理“保安十二族”。清乾隆年间，保安地区增设营制，改属循化厅，改都指挥为都司，保持了较为完整的行政建制。
后居住在同仁地区信奉伊斯兰教的保安人被迫进行了举族迁徙，其主要原因有三种说法：一是清同治元年，麻巴部落头人联络保安地区统治者，迫使保安人迁走；二是保安人与当地尕四东因水渠问题引起纠纷，保安人被迫东迁；三是同仁信奉佛教的统治者，强制信仰伊斯兰教的保安人改信喇嘛教，保安人被迫迁徙。保安城和城外下庄的保安人首先被迫外迁，在迁徙的途中，藏族郎加部落让出一条路让保安人通过，同时劝阻追击保安人的其他藏族部落，使保安人顺利通过多曼山和郎加部落的辖地，到达循化地区。
居住在尕沙日的保安人，随后也在附近土族哈仑那卡部落的帮助下，迁徙到循化。保安人迁到循化后，受到同是穆斯林的撒拉人的帮助和款待，并被安置在当地生活。在循化居住三年后，因暂住地人多地少，保安人无可耕之地，生计无着，便商议继续东迁。在与邻近积石关内的大河家地区取得联系后，保安人又举族沿黄河南岸东行，穿过积石峡，来到大河家。
在新的定居地，保安人仍按同仁居住时的习惯，尕沙日的保安人聚居在大墩村，下庄的保安人聚居在干河滩村，保安城的保安人聚居在梅坡村，形成新的“保安三庄”。还有部分保安人定居在柳沟的尕集村，刘集的高赵李家村。从此，保安人就在甘肃大地上繁衍生息，发展至今。
关于保安族的族源，由于缺乏历史记载，尚未形成统一的定论。新中国成立以来，主要有以下几种观点：
1、根据1958年全国少数民族地区社会调查中对保安族地区的调查资料和在1963年由中国科学院民族研究所甘肃少数民族社会历史调查组编写刊印的《保安族简史简志合编》中的观点，对保安族来源初步推测为：可能是以蒙古语族的人为主，在长期的历史发展过程中，和一部分回、汉、藏等民族自然同化而成的。
2、1984年8月，甘肃人民出版社出版的《保安族简史》中说：保安人的来源，可能是在长期历史发展中，以蒙古民族为主，和一部分当时保安地区活动的汉、土、回、藏等族人民，通过密切往来和自然融合而成的。
3、1986年9月，甘肃民族出版社出版的，由保安族各方面人士参加定稿的《积石山保安族东乡族撒拉族自治县概况》中说：保安族的族源是信仰伊斯兰教的色目人，后来与回、藏、汉、土同仁土族等民族长期交往，自然融合，形成了今日的保安族。
4、1989年5月，由保安族人撰写，北京民族出版社出版的《保安族》一书中，着重说明了同意《积石山县概况》的观点。综上新中国成立以来研究保安族族源的各种观点，按本民族意愿和所能接受的观点是：保安族是元朝以来一批信仰伊斯兰教的中亚色目人，在青海同仁地区戍边屯垦，同当地蒙、藏等各族长期交往，自然融合，逐步形成的一个民族。
1949年8月27日，中国人民解放军第一野战军进驻大河家，保安族聚居区全部得到解放，并开始建立基层新政权。同年10月，大河家地区的保安族人民推选了15名代表，参加了和平区各族各界人民代表会议。会上，成立了区人民政府，并以大河家、四堡子等保安族聚居的村子为主，联合组成大河家乡。
1952年3月，根据《中华人民共和国区域自治实施纲要》和保安族人民的愿望，成立了保安族自治乡，由大墩、梅坡、干河滩、崖头高赵家四个行政村18自然村组成。1954年4月2日，积石山地区又成立了“大河家回族保安族撒拉族土族联合自治区”，这是一个多民族联合的自治机构，下辖包括保安族自治乡在内的10个乡，30个行政村，90个自然村。1956年，根据《中华人民共和国宪法》的有关规定和《国务院关于建立民族乡若干问题》的指示，保安族自治乡改为保安民族乡。
1979年，甘肃省人民政府根据积石山保安族等各民族群众的愿望和要求，报请国务院批准成立“积石山保安族东乡族撒拉族自治县”，1980年6月国务院正式批准。1981年9月30日，在县政府所在地——吹马滩隆重举行了自治县成立大会郝文明、王铁志主编之国家民委民族问题研究中心专着《中国民族》，中央民族大学出版社，2001年3月版。