据文献记载，明洪武四年1371年，在今青海省同仁县保安城的西山曾建立保安堡。“保安”是由地名演变为族名的。一般认为该族是元、明时期以信仰伊斯兰教的一支蒙古族为主，在长期的历史发展中，吸收了一部分回族、藏族、土族等而逐渐形成。也有人认为保安族是以四川、陕西等地迁至青海同仁一带的“回回”人为主发展而来。他们原以驻军垦牧形式住在同仁境内隆务河两岸。长期与当地东乡、撒拉、藏等族交往、通婚，而逐步形成发展为保安族。
明末清初，保安族社会发展，人口增加，当时保安城内“番回”达百余家，城外有四屯，一干余户，由土干户统治。雍正七年1729土千户王喇夫违抗清朝，川陕总督岳钟琪派兵进剿，将保安堡原募“番兵”遣散，改设“把总”，改属西宁镇统辖。乾隆二十七年1762又隶属循化营，由兰州府管辖。同治初年，保安族因受当地喇嘛教隆务寺封建主欺压，被迫东迁。先在循化居住数年，后又转徙今甘肃积石山下大河家、刘集一带定居下来，他们居住的大墩、甘梅、高李等村庄，仍被习惯地称为“保安三庄”。从清末至中华民国时期一直处在地方军阀马安良、马步芳等统治下。1930年起，国民党政府推行保甲制，将该地划为“两保”。
演变
同治十一年二月，保安人民与回、东乡、撒拉等民族人民一起起义，反抗清王朝的统治，在河州太子寺南面的新路坡，打败了清军，但由于领导这起义的马占鳌最后向左宗堂投降，使得这次起义以失败而告终。
保安族的族称来源于原居住地保安城，保安族原居住在青海省同仁县隆务河边的保安城、下庄、尕沙日一带，这里原来居住的都是藏族。大约从元代开始，蒙古人进入西北藏族地区。
公元1227年成吉思汗攻取西夏五城兴庆府，夺得积石州后，连河州也相继变成了蒙军的重要据点。
公元1247年，西藏萨班会冗蒙古太子阔瑞后，蒙古军在西藏地区的往来也相当频繁，保安一带已成为兵家必争的交通要道。明万历年间曾在青海省同仁地区设置保安营，修建了保安城。明末清初以来，保安地区已形成了有藏、汉、蒙古、回、土、撒拉等多民族大杂居小聚居的“四寨子”——尕撒尔、年都乎、吴屯、保安。清咸丰、同治年间迁徙到甘肃省积石山。1952年根据本民族的意愿，由国家正式定名为保安族，并成立了以“保安三庄”区域为主的保安族自治乡。