据文献记载，明洪武四年（1400年），在今青海省同仁县保安城的西山曾建立保安堡。“保安”是由地名演变为族名的。一般
保安族民众认为该族是元、明时期以信仰伊斯兰教的一支蒙古族为主，在长期的历史发展中，吸收了一部分回族、藏族、土族等而逐渐形成。也有人认为保安族是以四川、陕西等地迁至青海同仁一带的“回回”人为主发展而来。他们原以驻军垦牧形式住在同仁境内隆务河两岸。长期与当地东乡、撒拉、藏等族交往、通婚，而逐步形成发展为保安族。
明末清初，保安族社会发展，人口增加，当时保安城内“番回”达百余家，城外有四屯，一干余户，由土干户统治。雍正七年（1729）土千户王喇夫违抗清朝，川陕总督岳钟琪派兵进剿，将保安堡原募“番兵”遣散，改设“把总”，改属西宁镇统辖。乾隆二十七年（1762）又隶属循化营，由兰州府管辖。同治初年，保安族因受当地喇嘛教隆务寺封建主欺压，被迫东迁。先在循化居住数年，后又转徙今甘肃积石山下大河家、刘集一带定居下来，他们居住的大墩、甘梅、高李等村庄，仍被习惯地称为“保安三庄”。从清末至中华民国时期一直处在地方军阀马安良、马步芳等统治下。1930年起，国民党政府推行保甲制，将该地划为“两保”。