土家医方剂，是在使用单味药治病进而用多味药治病的基础上开始形成的。随着土家药匠对药物性味功效认识的深入，以及不断丰富的临床实践，土家方剂逐渐发展成为具有自身特色的比较成熟的方剂体系。
组成原则
土家医药认为，各种病症的临床表现、形成原因是不相同的，所以必须选择不相同的治疗药物组成方剂治疗，而组成方剂的药物必须按照主药、配药、引子药的原则进行组方。主药、配药、引子药的意义是： 主药：针对疾病的主要症候而起主要治疗作用的药物。
配药：针对疾病的次要症候而起治疗作用的药物。一般说来，其用量次于主药。
引子药：指引主、配药性达到疾病的部位的药物，一般用量小，药味也少，但引子药在方剂中却是十分讲究的组成部分。如《各方药草》中，很多处方都标明了药引，例如，治内肠伤方：三两银、三两金、五加皮、牛膝、退血草、搜山虎、女儿红、灯草七根为引。土家方剂，常常药味简单，用量较大，也有用药达数十味甚至上百味的大处方，然其组成范围，均不离开主、配、引子药的原则。
方剂的变化
药味、药量加减的变化
药匠在选择土家药成方治病时，要根据病情的需要，对方剂中的药物做适当的增减，以达到方剂更加切合新的病情的目的。在某些情况下，根据病情，还会减去配药，单用主药，这时主药的用量要进一步加大。如治疗痢，在一般处方中，水黄连用量为6g，但若减去其它配药，单独用水黄连，则用量增至15－20g，实践证明临床疗效显着。
剂型的变化
同一方剂，因配制的剂型不同，其治疗作用也会不同，一般药匠是根据病情的需要具体运用的。例如治疗风湿关节病，如果用汤剂或丸剂，则药效显得缓慢，所以药匠们一般选用酒剂治疗，这样可以快速达到疗效。
药引
药引是土家医方剂配伍中的一个十分讲究的部分，具有缓引性、补引性、速引性、配引性、异引性、多引性6个方面的特点。
剂型
土家药匠在长期的临床实践中，创造了各种适合临床病情需要的和适合药物特性的剂型，使方剂更好地发挥药效。主要的剂型有：汤剂、炖蒸剂、散剂、酒剂、丸剂、煎膏剂、磨汁剂、鲜汁剂、佩挂剂、外搽剂、外敷剂、包裹剂、阴阳水。