土家医认为人体主要由三元、十窍、肢节、筋脉、气血精组成。
一、人体结构
三元
土家医将人体内脏概括为三部分，即上、中、下三元。上元为天，中元为地，下元属水，藉自然界的天、地、水来囊括人体的内脏和功能。
上元主要包括脑、心、肺，共居上天，统摄人体气血神志，为三元之首。
脑，居可巴骨内，主神，为人体生命活动的统帅。人体的精神、意识、思维虽然为脑所主，但与气、血、精三者关系极为密切。
心，位于左胸排叉骨中间，主血，为人体气、血、精输布的中心枢纽。心象一个唧筒，心肌松弛，能把全身各处气血精沿着筋吸到心腔；心肌紧缩，则把抽吸到心的气血精通过筋脉输送到三元、十窍、肢节，从而使人体上下内外得到气血精的充养，而维持人体的正常功能。
肺，居胸两侧、主呼吸，为人体气体交换的总汇。肺象一个囊袋，上有气管喉管与口鼻相联，并有筋脉与心相通。
中元主要包括肚、肠、肝，共居腹内，为水谷出入之地，水精、谷精化生之处，象大地之长养万物，为三元供养之本。
肚，位于上腹，主饮食的受纳与消化，为人体储藏食物的仓库。
肠，位于脐腹，主饮食物的消化，为人体食物消化的场所。土家医把肠的作用比喻为一个蒸酒缸，能把进入到肠的食物糊糊进行发酵，从而分出精微与糟粕二个部分，其精微部分上注于肝，糟粕部分下到肛窍而排出体外。
肝，居右排叉骨后方，主水精、谷精的生成，为人体营养物质的发源地。肝有上下两管，下管与肠相通，上脉与筋脉相连。
下元包括腰子、尿脬、养儿肠或精脬，共居下元，有排泌余水之功，为人体孕精生成之处，生命发生之根。
腰子，共二枚，位于双侧后排叉骨下方之前的板油内，主孕精的生成，为人体繁衍之本源。
养儿肠和精脬，均位于少腹。男子的精脬，接受腰子输送的孕精，从而发生性感，排出体外。如果精脬有病，就会出现遗精、滑精、交合时不泄精等病。女子的养儿肠，接受腰子输送的孕精，如果得与男子的孕精结合，便能有子，否则化为经水排出体外。
尿脬，位于少腹，主尿，为人体排泌余水之地。肠有一管与尿脬相通，饮水中的精微部分上注于肝，多余的部分则沿着肠管输入尿脬，在尿脬作用下，生成尿液再从尿窍排出体外。
三元是人体组织结构的最重要组成部分。人类活动的生命物质——气、血、精都是由三元中的内脏所产生；人体的各种生命现象均受三元的内脏所支配；人体的气血，经天、而地、至水循环往复并灌注于全身，以维持人体正常的生命活动。
十窍
关于人体的孔窍，土家医概括为十窍，其中有九大窍，和一小窍，即眼二窍、耳二窍、鼻二窍、口一窍、肛门一窍、尿孔一窍，加上皮肤上无数个小小的汗孔，共计十窍，又称为十孔。
十窍在人的生命活动中，起着重要的作用。如眼窍职司视万物、辨五色，眼窍有病，轻则视物昏糊、颜色不分，重则失明。鼻窍司嗅味与进出气，病则鼻塞流涕、气味不辨、影响呼吸。耳主听声音，病则耳鸣耳塞，甚则耳聋。口主言语、纳吐，病则纳食、讲话障碍。肛门有排便之功，病则出现排便异常。尿窍主司排尿，病则出现尿血、尿痛，甚则点滴俱无。汗窍司排泄汗液，病则汗出淋漓、汗闭、盗汗。
肢节
肢节包括肢体、骨头和榫三部分。
肢体分为手肢（上肢）、脚肢（下肢）和腰肢（躯干）三部分。
手肢由筒子骨段和钳杆骨段以及手组成。手有十指，即土地佬指（拇指）、鸡公指（食指）、中指、黄鼠指（无名指）、重（chong）指（小指）。手与手指的功能主要是持物和生产劳动等。
脚肢由大腿、小腿和脚板组成。大腿之间由克膝佬串联。其主要作用是行走和[FS：PAGE]站立。
腰肢由背膀、腰杆和下腰组成。主要功能是维持人体正常姿势。
骨头有长骨、短骨、大骨、小骨之分，土家民间有“七十二大骨，三十六小骨”之说。
两骨联合处称为榫，又称为骨节。上肢骨节包括手指骨节（指关节），手腕骨节（腕关节），倒拐子骨节（肘关节），肩膀骨节（肩关节）；下肢骨节包括脚趾骨节（趾关节）、螺丝骨节（踝关节）、克膝骨节（膝关节）、胯骨骨节（髓关节）；腰肢骨节有转骨榫（颈榫关节、胸榫关节、腰榫关节、尾榫关节等）；另外还有牙巴关节（颌关节）。
榫的主要作用是联结骨头和肢体运动。
筋脉
筋脉包括筋和脉两个部分，有大、中、小之分和内外之别。
筋由肉筋索（肌腱）、肉皮筋（筋膜）和麻筋（神经）三个部分组成。脉通常指血管，有青筋（在体表能看到，如分布于手脚颈项的静脉）和索筋（在体表能触到跳动，但视之不易见到的动脉）之分。
筋脉遍布于人体各个部位，是沟通天、地、水三元和联系人体上下、内外、表里的独特系统。其主要功能是运载气血精，濡养躯体，以维持人体各个部分的正常功能。
气 血 精
人体的生命活动，主要依据三元脏器的功能正常，而这些脏器功能的实现又以气血精为物质基础。气血精不断地循环转换，滋养着人体的各个组织器官，保证各个组织器官功能的实现，才能使人体得以维持正常的生命活动。如果气少、血亏、精乏，均能影响各个组织器官的正常功能，而使人体的生命活动受到影响，甚至造成生命活动的终结。
气是构成人体的有关物质成份。如清气与谷气。清气是在上元肺气的作用下，从自然界中吸入的“天气”，由气管而进入于心，和精血共同运行筋脉之中，为人体不可缺少的物质成份。谷气是谷精通过三元的共同作用而形成的，运行于筋脉之中，直接参与机体构成和营养机体的物质精微。
血是由水精与谷精在上元心气的作用下化生的一种红色精微物质。具有营养机体的重要作用。血的功能，一是血水通过筋脉的输布到达全身各地起濡润作用；二是血与清气结合，刺激机体起动力作用；三是血与谷气相合，输布于周身起营养作用。血可分为红血、青血、污血和黑血四种。红血由谷气、清气和血水共同组成，运行于索筋，具有营养机体作用。
精是具有营养机体和生育功能的营养物质。土家医把精分为水精、谷精和孕精三类。
水精，是由人体摄入的水液，经肠吸收，肝的作用，参于筋脉中运行的营养物质。其作用主要包括：一是为血液的重要组成部分；二是具有濡润躯体孔窍作用；三是为由汗窍排出，成为汗液，具有调节冷气与热气平衡的作用。
谷精，是由人体摄入的食物，经肚的消磨，肠的发酵，肝的变化而化生的精微物质。其作用主要有：一为血的重要组成部分，二为孕精化生的重要物质基础；三为由筋脉运送到躯体起营养作用。孕精，是由谷精与血在下元腰子的作用下生成的具有生殖功能的精微物质。
孕精由腰子生成后不断地输送到养儿肠或精脬中，以维持男女的性机能，如果男女交合，便能在养儿肠中孕育新的生命。
气血精的环流：气血精同居脉中，通过心气的作用而流入索筋，灌注于三元、十窍、肢节，然后到达青筋，再由青筋注入心，循环往复，周流不息。
气血精的转换：气血精三者同系人体生命活动赖以生存的精微物质。三者之间不仅关系密切，而且还可以相互转化。
1、精与气：精既是靠气的推动才能化生，但气又赖精的扶植才能充盛。精可生气，气可化精。人体精气充沛，生命力就旺盛；精气衰减，生命力就减退；精气败绝，生命也就终结。
2、精与血：精是血的重要组成部分[FS：PAGE]，精充则血旺，精衰则血虚，精绝则血枯，但精又是谷精与血在下元气的作用下形成的，血可化精。精血充足则机体营养充分，生命力旺盛；精血虚衰则营养不足，生命力减弱。
3、气与血：血的化生与运行，均有赖于气，但气之所以能散布于机体内外上下，又靠血的运载。气血充足，人体机能健壮；气血不足，机能衰减；气血塞滞，疾病由此产生；血枯气脱，生命停止。
二、病因
瘟气指引起疾病之风、寒、湿、火。
1、风
风是72风症和72惊症的主因，许多疾病如癫痫、着凉等的发病与风有直接关系。
风有热风、冷风、水风、内风之分。72风症中，热风能引起火风、漆风、热风、肚脐风、产后风、风痨、羊角风、破骨风等热症。冷风能引起冷骨风、钻骨风、眉毛风、摆头风、赶脚风、节骨风、头骨风、蛇风、头痛风、蚯蚓风、秋鱼风等冷症。内风可引起内节风、歪口风、抽风等内风症。水风能引起水滞风、水盎风等水风症。
2、寒
寒有外寒和内寒之分。外寒一般是指外界寒气侵犯肢节筋脉头面引起的发热、怕冷、脑壳痛、全身酸痛，由于是机体伤于寒气而发病，故药匠称为伤寒病。内寒是指外界寒气侵犯三元内脏而引起的病证，如寒气犯肚则出现呕吐、腹泻等症。
3、湿
湿往往与风和寒相兼致病，故有风湿和寒湿之分。风湿是引起风湿病和一些皮肤病的致病因素。风湿侵犯皮肤，可引起风劳、风疹、癞痢（头癣），临床上一般有瘙痒症状；伤及筋骨，引起骨节疼痛等症状，药匠称为风湿病。寒湿多侵犯肌肉和中下元，引起身痛沉重，肢体水肿，腹痛吐泻等寒湿病症状。
4、火
外火是引起红痧症、白虎症、雷火症等的主要原因，临床常出现高热，心烦口渴，便结溲赤等症。火毒易伤及皮肉，导致筋脉阻滞，血瘀肉腐，而出现局部焮红、肿胀、灼热、疼痛等症状，如疔疮疱癀等。
三元内火多由内脏本身功能失调而产生之火。上元火疾，病在脑心肺。脑火主要表现为神躁、神乱、神糊、神昏、神闭等；心火主要表现为心烦、胸闷、心痛等；肺火主要表现为咳喘、咯血、咯吐脓痰等症，中元火疾病在肚肠，临床上多见于肠燥泻下稀便黄臭或脓血，如痢症、干霍乱、便结等肠火，及口渴欲饮、饭劳（多食易饥）、大肚痛、烧心、牙肉溃烂出血等肚火。下元火疾，病在尿脬，临床出现血尿、尿痛、尿频的尿积病等。
二、生活饮食
1、生活起居
一是要适应气候变化。如四季避风，春防湿，夏防暑，秋防燥，冬防寒。反之容易产生风湿、寒湿、伤寒等病证。
二是要注意不过劳，适当劳作有利于气血的流通，筋骨的活动，但过劳则伤及筋骨气血而发生压劳、伤力劳等病证。
三是要节制房事，房事无度易损腰子，使精血亏损，引起色劳、经劳、月家劳、碰头病等。
四是要防受惊。土家医称脚为“千斤顶”，受惊后病从脚起，慢慢传到全身，从而引起许多全身性疾病。理由就是“千斤顶”因受惊而受伤，不能支撑身体，人必然害病。
五是不要过分劳神。生活起居无规律，容易损神。夜不安寐,易于伤神。神受损伤日久则导致丧神。
2、饮食
饮食为人体营养的源泉，但贵于有节，否则成为致病因素。
一是饮食过量，超过中元内脏克化能力，容易引起中元功能紊乱和虚衰一类的病症。
二是饮食过冷过热，易引起中元内脏损伤致病。
三是饮食不洁之物，如臭鱼烂虾，腐烂霉变及有毒之品（如毒菌），容易导致食物中毒，而发生肚子痛、呕吐、腹泻等病症。
四是偏食。药匠很讲究膳食，要求多食新鲜蔬菜和五谷，少吃陈菜、腊味，小儿偏食，易害食积和走胎病症；大人偏食，易使气血亏损，而发生黄肿病、脚气病等。
五是酗酒。饮少量酒，有助于气血筋脉的疏通，有健身之功；酗酒，会损伤内脏，是致病的因素之一。
3、劳损外伤
土家医以勤劳勇敢著称于世，由于土家族人民多居住在崇山峻岭之中，在生产劳动中，易发生劳伤。
劳动中因跌打、损伤、砸压、烧灼、冷冻等，常发生金创出血、骨折、错榫、扭挫伤、烫火伤、冻疱等。
蛇咬伤：位于武陵山脉的土家山寨，属亚热带山区气候，雨量充沛，气候温和，地形复杂，林木繁茂，是蛇类适宜生长繁殖和隐伏盘踞之地。本地毒蛇种类较多，有五步蛇、烙铁头、菜花烙铁头、眼镜蛇、蝮蛇、金环蛇、银环蛇、竹叶青、眼镜王蛇等剧毒蛇和毒蛇，每年被毒蛇咬伤者较常见（田华咏等，湘西自治州蛇伤流行病学调查，国际毒素会议资料，1989）。
毒虫咬伤：常见的有蜈蚣、毒蜂、霍辣子伤等。
疯狗咬伤：土家山寨过去有养狗看家的习惯，因此疯狗咬伤病人仅次于毒蛇咬伤，其病死率明显高于其他外伤病死率。
内伤：多由劳内或同房过度，引起筋脉、肢体、三元受损，气血壅滞而发生的伤力劳等病证。临床上多见腰腿酸痛、软弱无力、头晕目眩、饮食不振、心烦不安、气短多汗等症状。
4、情志
情志活动，是人体对外界环境的一种生理反应。主要指人的喜乐、悲哀、惊怒、忧悔等。土家医提倡喜乐有度，悲哀有节，防惊克怒，除忧舒悔，从而保持人体的身心舒畅。如果情志活动失限，就会伤脑损神，神损必伤体，从而引起一系列病症，如神癫、气癫、蒙癫、梅癫、风癫等，以及恐吓惊骇引起的小儿惊痫等。
5、、惹因
惹因是引起惹来病的原因。惹来病，一般是指病人自己逗惹而来的病症，大部分是指传染病、流行病。
生活上不检点，惹来性病。男性惹来病有蜡烛花、阴书霉，女性的阴霉，男女共患的衙门疮、尖疮等病症。
饮食上不注意。如与黄病、痢泻病人一起共餐，密切接触，惹来黄病、痢泻。
起居上密切接触，惹来兔眼病、肿痨等。
瘟疫互相招惹。土家族人民解放前生活贫穷，卫生条件差，经常有疫病流行，如麻子病、打摆子、出??子等。解放后，在党和政府的领导下，大力提倡爱国卫生运动，人民生活、文化水平不断提高，这类病例在不少地方已经绝迹。
三、病理
1、气血失调
气是人体生命活动的动力所在，血是人体营养的源泉，气血充足，人体生命力旺盛，气血失调百病滋生。
气的病理，一般包括气亏、气阻和气逆而引起的一系列变化。
血的病理，一般包括血亏、血瘀和出血三种情况而引起的一系列变化。
气之与血，相互促进，相互转换，气病则血病，气亏则血亏，气阻则血瘀，气逆则见红；血亏则气虚，血瘀则气阻。所以临床上以气血失调、气血共病多见。
2、冷热失衡
冷热平衡是维持机体正常功能的基本条件。在各种病因的作用下，破坏了人体正常的冷热调节机能而出现偏盛偏衰，于是产生一系列病变。冷热失衡是人体发生疾病的基本病理变化之一。
冷和热，是两种性质不同的致病因素，又是一种截然相反的病理现象，但二者在病理变化过程中，常常可以相互转化，如冷症可以转变为热症，相反，热症也可以转变成冷症。由热转冷，既可见于一些慢性痢病，由于体内冷热气的消长，而使热症变成冷症。也可见于急性疾病引起的高烧，因药物或体内气血的耗伤，而出现体温骤降，手足冰冷等一系列冷症的表现，是病情转向恶化的情况。由冷转热，也可因体内冷气逐渐消退，热气逐渐增长，而使冷症变为热症，也可因用药过热，助长体内热气，而使冷症变为热症。