蒙古草原上和森林中生长着丰富多样的药用植物，蒙古族人民在同大自然和疾病的斗争中，用这些药用植物来治疗疾病和骨折、外伤，积累了不少的药物学方面的知识。在史料中记载了蒙古地区的特产药物肉苁蓉。在六百多年前拉施达丁所着的《史集》中曾经记载成吉思汗以前居住在鄂毕河上游森林里的“兀刺速惕、帖良古惕和客思的迷这些部落熟悉蒙古药剂，以用蒙古方法很好地治病闻名于世”的史实。
元代时，随着国内各兄弟民族间经济文化的广泛交流，欧、亚两州各国之间的频繁交往，蒙医药也进入了一个新的发展时期。
药物方剂方面的知识也进一步得到了发展和丰富。内地和国外的一些药物进入了蒙古地区，蒙古草原的特产肉苁蓉等药物也传送到内地和国外。各地药物的广泛交流，也丰富了蒙药学、方剂学的内容。
16世纪以后，随着经济文化的发展，传统的古代蒙医药也有了进一步的发展和提高。出现了如《方海》《四部甘露》《蒙药正典》等药学专着。
1949年以后，在国家民族政策和民族医药政策指导下，蒙医药得到了应有的地位。并且跨入了新中国高等教育的行列。在内蒙古医学院设立了蒙医专业，并建立了蒙医学院，从此有了培养蒙医药高级人才的基地。制定了《内蒙古蒙药材标准》《内蒙古蒙成药标准》，编写出版了《中国医学百科全书·蒙医分卷》、部分蒙药也被编入《中国药典》(90版)中，从而保证了用药的质量和疗效。也组织力量撰写出了蒙医药专业用统编教材，使高等蒙医药教学步入了科学化、规范化、标准化的轨道。同时也促进了蒙医药学知识理论化、系统化的进程。