据史料记载，赫哲族先民的历史可追溯到6000多年前的密山新开流时期，在先秦时称肃慎、汉魏时称挹娄，南北朝时称勿吉，隋唐时称黑水靺鞨，元明清时称女真。赫哲名字的由来首先是在康熙二年（1662年）的《清实录》上记载并得以传承。现在，全国共有赫哲族聚居地四处，分别是同江市街津口赫哲族乡和八岔赫哲族乡、饶河县四排赫哲族乡和佳木斯敖其镇的敖其村。
由于历史原因，赫哲族是个跨国民族，在俄罗斯境内有赫哲族人口2万余人，当地人称他们为那乃人。他们的民族历史、民族语言、宗教礼仪、歌曲舞蹈、衣着服饰、民风民俗和我国赫哲族都具有北方内陆渔猎民族生产生活特色。
赫哲族历史悠久，与中国东北的古代民族“肃慎”、“挹娄”、“勿吉”、“女真”等有着密切的族源关系，清代的“黑斤”、“赫哲哈喇”即是赫哲族的先民。反抗满族统治者：公元1608年（明万历三十六年），赫哲族反抗满族统治者的政征服，呼尔哈路千余人围攻满族重镇宁古塔，给满族统治者以打击。
反沙俄入侵：公元1651年（顺治八年），乌扎拉村的赫哲人及其附近的满、奇勒尔人，配合宁古塔章京海色反击沙俄入侵者以哈巴罗夫为守的哥萨克；揭开清朝军民联合反抗沙俄入侵的序幕。公元1657（顺治十四年），沙俄侵略者斯捷潘诺夫等哥萨克入侵松花江流域依兰县附近尚坚乌黑等处；赫哲、满、奇勒尔人配合宁古塔章京沙尔瑚达所率清军痛击入侵者。此年于松花江口击毙斯捷潘诺夫。
反抗日本帝国主义：1931年，日本帝国主义侵占中国东北，赫哲族人民遭受殖民统治。在中国共产党的领导下，赫哲族人民参加东北各种抗日行列和各族人民一道，同日本帝国主义进行英勇的斗争。