清代中叶，独龙河和怒江曾被划分两段，分别受丽江木氏土知府所属的康普土千总和叶枝土千总管辖。
据记载，当时独龙族人民被迫以黄蜡三十斤、麻布十五丈、山驴皮二十张为贡礼，每年按期向维西康普土千总纳贡。后来康普土千总把独龙河上流地区转赠给西藏喇嘛寺，由察瓦龙藏族土千总向独龙人征收“超”费，菖蒲桶(贡山县)喇嘛寺也来征收香火钱粮，而康普土千总仍照例征收贡物。
东邻傈僳族统治者，也经常越过高黎贡山，掳掠独龙人当奴隶。独龙人继续抵抗了好几代，残暴的统治者曾先后杀绝了独龙人的几个家族，并强迫独龙人缴纳贡物，号称“尸骨钱粮”。独龙族人民就这样世世代代受着苛重的剥削和压迫。