疾病的分类方法主要有四种
1、从形态分
以隆、赤巴、培根来区分。隆病42种，赤巴病26种，培根病33种。共计101种病。
2、从疾病性质分
分为本系、旁系两类。本系疾病分为增型和损型，又各分别有增、极增、特增和损、极损、特损之异，共18种病。旁系病分合症、并症、并发症三型，其中合症、并症各分成均增型、偏增型和均损型、损型。本系旁系的疾病共计74种。旁系中的并发症有27种。上述病症合为101种。
3、按疾病发生部位分
大致分为身、心两部位的疾症。心病指疯狂、病等。身体病包括内脏、头部五官、咽喉部等部位病，身体下部包括二阴病，还有皮肤病，脉络、骨骼等部位病。以及身体内外的赤巴病，水肿、膨胀、疾病、热病、中毒等。总数共计101种。
4、以疾病种类分
分为身体内部病、疮伤、热症、杂症等，合计也是101种。
以上四种分类方法共计疾病404种，与佛教“四大”学说思想相关，反映了佛学文化的丰富内含。但现代藏医学已不仅局限于这四种分类法了。