土家医认为人体主要由三元、十窍、肢节、筋脉、气血精组成。
一、人体结构
（一）三元
土家医将人体内脏概括为三部分，即上、中、下三元。上元为天，中元为地，下元属水，藉自然界的天、地、水来囊括人体的内脏和功能。
上元主要包括脑、心、肺，共居上天，统摄人体气血神志，为三元之首。
脑，居可巴骨内，主神，为人体生命活动的统帅。人体的精神、意识、思维虽然为脑所主，但与气、血、精三者关系极为密切。
心，位于左胸排叉骨中间，主血，为人体气、血、精输布的中心枢纽。心象一个唧筒，心肌松弛，能把全身各处气血精沿着筋吸到心腔；心肌紧缩，则把抽吸到心的气血精通过筋脉输送到三元、十窍、肢节，从而使人体上下内外得到气血精的充养，而维持人体的正常功能。
肺，居胸两侧、主呼吸，为人体气体交换的总汇。肺象一个囊袋，上有气管喉管与口鼻相联，并有筋脉与心相通。
中元主要包括肚、肠、肝，共居腹内，为水谷出入之地，水精、谷精化生之处，象大地之长养万物，为三元供养之本。
肚，位于上腹，主饮食的受纳与消化，为人体储藏食物的仓库。
肠，位于脐腹，主饮食物的消化，为人体食物消化的场所。土家医把肠的作用比喻为一个蒸酒缸，能把进入到肠的食物糊糊进行发酵，从而分出精微与糟粕二个部分，其精微部分上注于肝，糟粕部分下到肛窍而排出体外。
肝，居右排叉骨后方，主水精、谷精的生成，为人体营养物质的发源地。肝有上下两管，下管与肠相通，上脉与筋脉相连。
下元包括腰子、尿脬、养儿肠或精脬，共居下元，有排泌余水之功，为人体孕精生成之处，生命发生之根。
腰子，共二枚，位于双侧后排叉骨下方之前的板油内，主孕精的生成，为人体繁衍之本源。
养儿肠和精脬，均位于少腹。男子的精脬，接受腰子输送的孕精，从而发生性感，排出体外。如果精脬有病，就会出现遗精、滑精、交合时不泄精等病。女子的养儿肠，接受腰子输送的孕精，如果得与男子的孕精结合，便能有子，否则化为经水排出体外。
尿脬，位于少腹，主尿，为人体排泌余水之地。肠有一管与尿脬相通，饮水中的精微部分上注于肝，多余的部分则沿着肠管输入尿脬，在尿脬作用下，生成尿液再从尿窍排出体外。
三元是人体组织结构的最重要组成部分。人类活动的生命物质——气、血、精都是由三元中的内脏所产生；人体的各种生命现象均受三元的内脏所支配；人体的气血，经天、而地、至水循环往复并灌注于全身，以维持人体正常的生命活动。
（二）十窍
关于人体的孔窍，土家医概括为十窍，其中有九大窍，和一小窍，即眼二窍、耳二窍、鼻二窍、口一窍、肛门一窍、尿孔一窍，加上皮肤上无数个小小的汗孔，共计十窍，又称为十孔。
十窍在人的生命活动中，起着重要的作用。如眼窍职司视万物、辨五色，眼窍有病，轻则视物昏糊、颜色不分，重则失明。鼻窍司嗅味与进出气，病则鼻塞流涕、气味不辨、影响呼吸。耳主听声音，病则耳鸣耳塞，甚则耳聋。口主言语、纳吐，病则纳食、讲话障碍。肛门有排便之功，病则出现排便异常。尿窍主司排尿，病则出现尿血、尿痛，甚则点滴俱无。汗窍司排泄汗液，病则汗出淋漓、汗闭、盗汗。
（三）肢节
肢节包括肢体、骨头和榫三部分。
肢体分为手肢（上肢）、脚肢（下肢）和腰肢（躯干）三部分。
手肢由筒子骨段和钳杆骨段以及手组成。手有十指，即土地佬指（拇指）、鸡公指（食指）、中指、黄鼠指（无名指）、重（chong）指（小指）。手与手指的功能主要是持物和生产劳动等。
脚肢由大腿、小腿和脚板组成。大腿之间由克膝佬串联。其主要作用是行走和站立。
腰肢由背膀、腰杆和下腰组成。主要功能是维持人体正常姿势。
骨头有长骨、短骨、大骨、小骨之分，土家民间有“七十二大骨，三十六小骨”之说。
两骨联合处称为榫，又称为骨节。上肢骨节包括手指骨节（指关节），手腕骨节（腕关节），倒拐子骨节（肘关节），肩膀骨节（肩关节）；下肢骨节包括脚趾骨节（趾关节）、螺丝骨节（踝关节）、克膝骨节（膝关节）、胯骨骨节（髓关节）；腰肢骨节有转骨榫（颈榫关节、胸榫关节、腰榫关节、尾榫关节等）；另外还有牙巴关节（颌关节）。
榫的主要作用是联结骨头和肢体运动。
（四）筋脉
筋脉包括筋和脉两个部分，有大、中、小之分和内外之别。
筋由肉筋索（肌腱）、肉皮筋（筋膜）和麻筋（神经）三个部分组成。脉通常指血管，有青筋（在体表能看到，如分布于手脚颈项的静脉）和索筋（在体表能触到跳动，但视之不易见到的动脉）之分。
筋脉遍布于人体各个部位，是沟通天、地、水三元和联系人体上下、内外、表里的独特系统。其主要功能是运载气血精，濡养躯体，以维持人体各个部分的正常功能。
（五）气、血、精
人体的生命活动，主要依据三元脏器的功能正常，而这些脏器功能的实现又以气血精为物质基础。气血精不断地循环转换，滋养着人体的各个组织器官，保证各个组织器官功能的实现，才能使人体得以维持正常的生命活动。如果气少、血亏、精乏，均能影响各个组织器官的正常功能，而使人体的生命活动受到影响，甚至造成生命活动的终结。
1、气
气是构成人体的有关物质成份。如清气与谷气。清气是在上元肺气的作用下，从自然界中吸入的“天气”，由气管而进入于心，和精血共同运行筋脉之中，为人体不可缺少的物质成份。谷气是谷精通过三元的共同作用而形成的，运行于筋脉之中，直接参与机体构成和营养机体的物质精微。
2、血
血是由水精与谷精在上元心气的作用下化生的一种红色精微物质。具有营养机体的重要作用。血的功能，一是血水通过筋脉的输布到达全身各地起濡润作用；二是血与清气结合，刺激机体起动力作用；三是血与谷气相合，输布于周身起营养作用。血可分为红血、青血、污血和黑血四种。红血由谷气、清气和血水共同组成，运行于索筋，具有营养机体作用。
3、精
精是具有营养机体和生育功能的营养物质。土家医把精分为水精、谷精和孕精三类。
水精，是由人体摄入的水液，经肠吸收，肝的作用，参于筋脉中运行的营养物质。其作用主要包括：一是为血液的重要组成部分；二是具有濡润躯体孔窍作用；三是为由汗窍排出，成为汗液，具有调节冷气与热气平衡的作用。
谷精，是由人体摄入的食物，经肚的消磨，肠的发酵，肝的变化而化生的精微物质。其作用主要有：一为血的重要组成部分，二为孕精化生的重要物质基础；三为由筋脉运送到躯体起营养作用。孕精，是由谷精与血在下元腰子的作用下生成的具有生殖功能的精微物质。
孕精由腰子生成后不断地输送到养儿肠或精脬中，以维持男女的性机能，如果男女交合，便能在养儿肠中孕育新的生命。
4、气血精的环流
气血精同居脉中，通过心气的作用而流入索筋，灌注于三元、十窍、肢节，然后到达青筋，再由青筋注入心，循环往复，周流不息。
5、气血精的转换
气血精三者同系人体生命活动赖以生存的精微物质。三者之间不仅关系密切，而且还可以相互转化。
精与气：精既是靠气的推动才能化生，但气又赖精的扶植才能充盛。精可生气，气可化精。人体精气充沛，生命力就旺盛；精气衰减，生命力就减退；精气败绝，生命也就终结。
精与血：精是血的重要组成部分，精充则血旺，精衰则血虚，精绝则血枯，但精又是谷精与血在下元气的作用下形成的，血可化精。精血充足则机体营养充分，生命力旺盛；精血虚衰则营养不足，生命力减弱。
气与血：血的化生与运行，均有赖于气，但气之所以能散布于机体内外上下，又靠血的运载。气血充足，人体机能健壮；气血不足，机能衰减；气血塞滞，疾病由此产生；血枯气脱，生命停止。