因致病原因、环境、气候条件及体质上的不同，在疾病变化过程中，疾病的病理变化也是错综复杂的。古代药匠经过常年的临床观察与切身体验，认识了疾病的病理变化是有规律的。土家医认为疾病的基本病理变化分为气血失调和冷热失衡两种。
一、气血失调
气血对人体的健康有着重要的意义。气乃人体生命活动的基本动力源泉，血是人体营养的来源。若气血充沛，则人体生命力强盛；反之，气血失调，人体就会百病丛生。
(一)气的病理变化
气的病理变化包括气亏、气阻、气逆引起的一系列相关变化。
1．气亏
气亏主要是指三元之气不充足，脏器组织功能减弱或衰退，抗病能力差的病理状态。人体中内脏、十窍、肢节、筋脉，全都依赖三元之气的充斥和灌溉，才能维持正常的生理功能。气亏是由于先天不足、后天失养或因久病亏损而成。假若上元气亏，则脑、心、肺的功能衰减、衰退，出现汗多、气促、息微、心慌，恐惧等症；若中元气亏，谷物的受纳运化功能失常，则见肠鸣、腹泻、纳减、体倦、腹痛、完谷不化等症；苦下元气亏，则不能主水固精，则出现水肿、遗溺、滑精、崩漏、带下、腰膝酸软等症。
2．气阻
气阻主要是三元之气流通不畅或若阻滞，导致机体功能障碍的病理状态。人体之气，需要舒达通畅，才能正常发挥机体功能。气阻多是由于有形病因阻滞或是脏器功能障碍等形成。若上元气阻，影响心肺功能，则会出现胸部胀闷、心痛、气促、咳喘等症：若中元气阻，降低肚肠受纳、消磨功能，则会出现肚腹气胀、腹胁疼痛；若下元气阻，则会出现腰痛、小肚胀痛、小便淋泥不畅等症。
3．气逆
气逆主要是指三元之气向上冲逆的病理状态。气的运动，是指气在机体内有规律地循行。倘若因饮食阻滞、病气侵扰，或情志失调，气失调达。则可致气逆于上。气逆于上，则脏器功能失调，表现为反酸、呕吐、咳喘、呢逆、嗳气、头晕胀痛等一系列肺、肚、肝、肠症状。
（二）血的病理变化
血的病理变化一般是由于血亏、血瘀和出血三种情况引起的一系列相关变化。
1．血亏
血亏是指因为人体产血不足或失血过多而造成的血液减少，血的滋润和营养功能食减，组织器官失养的病理状态。
血亏的形成，多由失血过多，新生的血来不及补充，或者由于化源不足，亦或化生血液的功能衰减造成。三元血亏，着重是指上元的心，中元的肝，下元的腰子的血不足，临床上常见神疲倦怠、而色萎黄，唇舌爪甲色淡苍白，失眠、心悸、注意力不集中，寅脉、辰脉、酉脉、未脉快且细弱等。
2．血瘀
血瘀是指在多种原因下，导致血液在筋脉中运行不畅或溢于筋外、停滞体内所引起的病理表现。
血瘀的形成，多因久病、外伤、冷热失调等原因所引起，使血液运行流畅，甚至血液凝结成为瘀血。血瘀主要表现为四方面：上元筋脉血瘀，血阻心肺，可见心口疼痛，呼吸困难，咯喘；中元筋脉血瘀，血阻肚肠，可见肝腹刺痛，大便血乌，肝腹部有硬肿之物；下元筋脉血瘀，血挡小肚，可致妇女闭经、月经不顺和养儿肠肿块；肢体血瘀，可见肢节麻木、疼痛，手脚不灵活，严重甚至瘫痪等。
3．出血
出血又称之为见红，因筋脉受到损伤，导致血液由脉道溢出，通过十窍排出于体外的病理表现。出血多由于气机逆乱、外伤、冷热失调等原因，导使筋脉损伤而形成。常见出血有咯血、呕血、溲血、便血、鼻血、皮肤紫斑等。
4．血热
血热是指元脏器内火热盛，热侵血脉所导致的病理表现。血热多是由于外火内侵或三元脏器功能先调，致火热内生，热血脉热在血分形成。因热致病，必会迫血妄行，或是耗伤水精，则会出现热盛动血或局部血行壅滞的病证表现，常见的有热证、各种出血证，外伤科中疮、疡、疔，痈症等，也可由于血热导致。
5．血寒
血寒是由于寒气内舍血脉，凝滞气机，血行不通畅所导致的病理表现。寒在血脉，必然导致气血阻滞，症见四肢冷痛，少腹拘急，肤色紫喑，或是月信想期、夹布血块，色质紫暗等症状。
气与血，在生理功能上相互转换，相互促进，因此土家医为二者在病理上不能相互分离。气病则血病，气亏则血虚，气阻则血瘀，气逆则见红；血亏则气虚，血瘀则气阻。所以临床上以气血同病、气血失调多见。
二、冷热失衡
冷热平衡是维持人体机能正常的基本条件。人体能维持正常的体温是由于人体中冷气和热气的相互调节，使之相对恒定，维持人体正常的生理活动。人体出现冷热的偏盛偏衰是由于各种病因的作用破坏了人体正常的冷热调节机能，产生一系列的病理变化。因此，土家医认为，冷热失衡是人体产生疾病的基本病理变化之一。
（一）冷的病理
上元心肺气冷，导致心痛，肢体清冷，咳稀内痰诞，甚至清水；中元肚肠气冷，则会见壮腹冷痛，完不化，手足清冷，呕吐清水，腹污清稀；下元腰子与养儿肠冷，则常见腰膝冷痛，白带清稀，小肚寒冷等；肢节冷气入侵，可见手足寒冷之冷骨风，骨节冷痛。
（二）热的病理
心肺热证可见心烦胸闷，咯痰黄稠，气喘鼻煽，舌红糜烂，脉快等；肚肠热证往往出现食多消瘦，腹泻黄臭或便结等，严重者便脓血等；十窍热证则常表现为目眼红赤或发黄，鼻孔烂赤，耳肿流脓，口舌生疮，口苦，肛门瘙痒红烂，小便淋滴、涩痛热赤，长疖、疔、疱、疮、癀等。
（三）冷热转化
热证可以转变成冷证，冷证亦可以转变成热证。由热转冷，则见于某些慢性疾病，由于体内冷、热气的消长变化，使热证变成冷证，则见于某些急性疾病引起的高烧，因治疗不当或体内气血的损耗出现的体温骤降，手足冰冷等冷证的表现。从冷变热，可因为体内冷气渐渐消退，热气渐渐增松，使冷证变为热证，亦可因用药过热，助长了体内的热气，而使冷证转变为热证。由此可见，冷和热两种性质不同的致病因素在病理变化过程中可以相互转化。
（四）冷热交错
临床上常出现冷热交错的病理变化。如有时外热内冷，有时外冷内热；有时上热下冷，有时上冷下热；有时先热后冷，有时先冷后热等。全都由于人体中冷热既相互矛盾，又能相互转化。冷热失衡理论是土家医认识疾病病变、诊断疾病过程的一个重要的部分，在应用中要分析辨别，把握疾病冷热的本质区别。