内蒙古的大草原和森林中有着丰富多样的植物，其中有很多可以做为药用植物，不屈不挠的蒙古族人民在长期同大自然和疾病的斗争中，逐步的摸索和学习，用这些药用植物来治疗疾病和骨折、外伤，积累了丰富的药物学知识。
现代蒙药学是在蒙古民族传统医药学基础上，汲取了藏、汉等民族以及古印度医药学理论的精华而形成的具有民族风格的、独立的医药体系，在我国民族药中占有重要地位。
蒙古族的历史上涌现出许多优秀的蒙医药学家和着名的蒙药典籍，其中较有影响的有18世纪的松巴·堪布―伊舍巴拉吉尔的《西勒嘎日·莫隆》（《识药晶鉴》）是蒙药的奠基篇，收载蒙药390种。同时代的察哈尔镶白旗的洛布桑·索勒日哈木着有《曼奥·西吉德》（《药物识别》），全书分为四部，共收集药物678种。19世纪初，内蒙古哲里木盟奈曼旗的占布拉通尔吉用藏文编着了《李斯尔·米格金》（《本草图鉴》），收载蒙药879种，成为今天学习和研究蒙药的主要经典。
蒙药进入现代以后，发展速度大为加快。据统计，我国现有蒙药2230种。除了内蒙古自治区外，我国东北和西北的许多蒙族聚集地也都普遍使用蒙药。
内蒙古的相关部门在经过多年的资源普查后，初步摸清了蒙药资源，全自治区共有各类蒙药资源1342种，其中植物类926种、动物类290种、矿物类98种，其他类28种；本区内常用蒙药有500余种，商品蒙药约400种，还有民族专用药260种。内蒙古自治区制定的《蒙药标准》收载药材和成药522种。