蒙药种类繁多，资源丰富且以植物药为主。据文献记载，内蒙古分布的种子植物和蕨类植物共让2351种，其中引种栽培的植物有184种，野生植物共2176种，分属于133科720属，野生药用植物1122种，分属117科1033种，此外药用藻类1科2种，菌类24科68种，地衣5科7种，苔藓11科12种。其中常用104种，最常用78种，占全国最常用植物药的36%。
蒙医常用药有450余种，蒙医专用260余种，本区自产药材占30%，以清热药、祛巴达干药、抑赫依药、祛黄海水药物为主。还有驱虫药、促使热疾成型的药物、粘药、利尿逐水益肾药、破痞去滞药、止咳化痰药、泻下药、止泻药、滋补强壮药等17类。
在众多的蒙药中有不少种药材是蒙药专用品种(即只有蒙医常用的药物)，在常用蒙药中约有140种。如：广枣，蒙医用于心悸、心绞痛心脏病。沙棘，蒙医用来止咳化痰，活血化瘀。蓝盆花，蒙医用于清肺和治疗肝热病。文冠木，蒙医用于清热燥湿，治疗风湿、痹症。现代有关科学研究都证实了它们的药效确切，疗效可靠。