阴阳论是朝医学基础理论的哲学依据。以“太极生两仪”，“太极动而生阳，静而生阴，分阴分阳，两仪立焉”，“阳变阴合四象生焉”的哲学理论为指导，解释宇宙一切事物的变化，说明人的生理、病理，指导临床实践。阴阳是宇宙一切事物的产生、发展和消亡的法则，也是朝医学辨象论治的根本原则。
朝医学认为“天生万物，有物有则，人形物也，人性则也，以人形其人性，有物有则，一而不二者谓之太极”，“性有性用，性用知也，形有形用，形而行也，一知一行，一生一成，易简相得者谓之两仪”。这就是人体生理功能、病理变化的根源，人的一切组织器官是既对立又统一的有机整体。《东医寿世保元》称：“太少阴阳之脏局短长阴阳之变化也”。朝医学根据这一阴阳变化理论，把人分为太阳人、太阴人、少阳
人、少阴人，指出辨象来之阴阳，正确的辨象首先要分清阴阳，才能抓住体质的本质。又称：“哀怒之气阳，顺而上升；喜乐之气阴，顺而下降”，“上升之气过多则下焦伤，下降之气过多则上焦伤”，说明人体的正常生命活动过程是哀怒之气和喜乐之气、上升之气和下降之气阴阳相互依存、相互排斥、相互对立统一的协调过程，尽管疾病的发生及病理变化复杂多样，但都可用阴阳变化来概括说明。还说：“哀怒相成，喜乐相资”，“哀性极则怒情动，怒性极则哀情动”，认为阴与阴、阳与阳之间具有相资相成的关系，提出不同个体阴阳多寡的天禀相对稳定的理论，把人分成几类：过偏于阳者为太阳人，过偏于阴者为太阴人，少偏于阳者为少阳人，少偏于阴者为少阴人。
认为：“肺大肝小者名曰太阳人，脾大肾小者名曰少阳人，肝大肺小者名曰太阴人，肾大脾小者名曰少阴人”，脏器大小，阴阳偏盛偏衰是疾病发生、发展的根本原因，因此调整阴阳，恢复阴阳的相对平衡就是治疗疾病的过程，所以“大者泻之，小者补之”是朝医学的基本治疗原则。