14世纪到16世纪，撒里畏吾儿处于察合台汗国（阿尔泰山以南的整个新疆及中亚费尔干纳盆地一带）、卫拉特蒙古人（阿尔泰山南北到巴尔喀什湖及中亚搭拉斯河一带）和明朝三种势力之间，他们都曾先后控制撒里畏兀儿地区。他们每年给察合台汗国、卫拉特蒙古和明王朝送上礼物，送上礼物可说是朝贡或者说是纳贡。后来，明朝在洪武年间，封撒里畏兀儿宗王黄金家族后裔卜烟贴木儿为安定王。还在撒里畏兀儿地区设立半军事性的八个卫所，史称“关西八卫”：安定卫、曲先卫、赤斤蒙古卫、阿端卫、罕东卫、苦峪卫（罕东左卫）、哈密卫、沙州卫。
14世纪中叶到16世纪的撒里畏兀儿，生活在一个瘟疫流行、战火连绵、自然灾害频繁的时代。撒里畏兀儿向东迁徙逃难的原因，可以概括为以下四点。
(一)察合台汗国东进至到13世纪时，今新疆喀什噶尔以东以北各族大多仍处于佛教和萨满教传播地区。14世纪，这一地区的统治者，成吉思汗的次子察合台的后裔————察合台蒙古贵族的部分人皈依了伊斯兰教以后，便开始以武力传播伊斯兰教。他们以叶尔羌、阿克苏、吐鲁番、哈密为据点向东向北进攻非穆斯林民族。
(二)明朝政府软硬兼施的政策。明朝政府一方面用砖茶和封号来试图让西拉尧熬尔地区作为“屏藩”，来阻挡察合台汗国、卫拉特蒙古和其他各种游牧人进攻的可能，实现其羁縻笼络的政策。同时，明朝政府常常以种种军事行动从东和南讨伐掠夺他们认为是“元裔”残元势力的西拉尧熬尔人，每一次征伐都要掳掠动辄几十万头(只)的牲畜，俘虏大量的青壮年人口带到内地分散为奴。
(三)内部混乱和残杀。西拉尧熬尔内部各势力的混战往往牵扯进外部各势力，如察合台、卫拉特人和明朝等等，从而引起更大的混战。而西拉尧熬尔人常常参预其他势力内部的混战和残杀。
(四)草原的退化和气候的恶化。自15世纪起，中亚大陆气候日趋干旱。在古代巨大浩渺达5350平方公里的罗布泊在当时已渐渐缩小干枯。阿姆河的茫茫芦苇消失了。昆仑山和阿尔金山一带的草原不断被沙漠吞没，塔里木的沙漠日益扩大，很多草原被沙化和戈壁化。而在那些绿洲农耕地区，人们开始象蚁群般地多了起来。他们活动的足迹扩展到了阿姆河的芦林荒野和兴都库什山与印度接壤的崇山峻岭中，那里是著名的西域狮生长的地方，西域狮到17世纪已绝迹。中亚地区的大风、干旱、洪水、雨雪、冰雹、尘暴等灾害越来越频繁。