到了15世纪时，伊斯兰教排除了其它宗教，在维吾尔族地区逐渐占据统治地位，成为全民信仰的宗教。伊斯兰教对维吾尔族的政治、经济、文化和生活习俗方面的影响，都是十分深远的。
伊斯兰教有不同的教派。维吾尔族大多数人信仰逊尼派的教法学派之一哈乃斐派，也有相当一部分人信神秘主义派别的苏菲派，在新疆称为依禅派，还有少部分人信仰瓦哈比派。逊尼派自称正统派，是伊斯兰教教徒最多的一个派别，崇奉《古兰经》，相信末日和来世，注重五功(念经、礼拜、封斋 、纳税、朝觐)。每天五次礼拜，每七天一次主麻(集体礼拜)。礼拜寺是逊尼派教徒进行宗教活动的场 所。礼拜寺的种类和大小不同：有居民礼拜寺，主麻礼拜寺和行人礼拜寺等多种。
在维吾尔族中信仰依禅派的人主要分布在和田、墨玉、莎车、库车等地，在喀什、疏勒、疏附、吐鲁番以及伊犁地区也有很多信徒。