苗族的宗教信仰主要是自然崇拜和祖先崇拜，近百年来，基督教、天主教传入云南苗族地区，并在昭通、楚雄、曲靖等地分别成立基督复临安息日会、演中分会（在富民）、基督教布道公会（在禄丰）、西南基督教联合会（在元谋）、西差会的内地会（在武定）以及石门坎教堂等教会组织，致使部分苗族信奉基督教和天主教。
原始宗教
苗族的宗教信仰主要是原始宗教，重视崇拜山神、树神、猎神、雨神、火神等自然神教，遇有暴风骤雨，要烧黄腊祭鬼；小孩生病，要拜献石头神；大人生病，要杀猪祭水井神，并取“灵水”治病；家有不幸，要“做牛鬼”，即“推牛还愿”，祈求神灵保佑。相信财神，并有“开财门祭”，即钉一尺红布于门上，魔公呛咒，杀鸡献祭，以示求财。祖先崇拜在苗族中也很盛行，最大的祭祖节日是每年秋后的“西松”节；平时家人遇到认为不吉利的事，或做恶梦等，要杀鸡祭祖，并请魔公呛咒转达子孙对祖先神灵的祈求。部分苗族也信仰道教。祟奉观音、关帝、天王菩萨和盘瓢等神。有的苗族称巫师为“白马”，有的称为“昂”，有的称为“宛能”，昭通部分苗族称为“波摩”。“波摩”曾有用汉文书写、读士音的经书。