水族经济是典型的山地稻作农耕类型，早在150年前，水田在水族聚居区就占耕地面积的80%以上。在农业生产中，水族农民仍保持着一些特殊的习俗。
积肥与施肥：现在水族农民虽然也使用农药和化肥，但其成本高和有污染是明显的弊端。为了增加和多使用农家肥，水族农民仍普遍采取牛踩肥的办法来积肥。他们在耕牛休闲的时候，将其圈养，把牛吃剩下的青草垫在圈内，适时加入垫圈土，让牛把粪尿和草土踩混在一起，沤成肥料。
耙田工具：耙田是为了耙碎田中的泥块，耙平水田，使稻子有疏松的生长土壤，且能均匀受水。特殊的是，水族农民用“船耙”和“石耙”耙田。“船耙”是长1米左右的木制船形耙，“船底”是平的，底部外面朝下装有木齿或竹齿。若用人拉耙，“船”内装土或石块来镇压；若牛拉耙，人则站在“船”内驾驭。石耙就是一块长方形石条，条石两头钻孔穿绳牵引，条石底面有粗的刻纹：石耙的主要作用不是耙田，而是磨平。
灌溉：水族地区灌溉得自然之利。在高于水田的山谷修塘堰或河坝蓄水，然后开渠引水灌溉，或直接引山泉溪流到田头灌溉。田高水低处，也使用筒车、翻车（龙骨车）等古老的提水装置。
水族地区广泛流行“活路头”生产习俗。“活路头”是当地汉语方言土语，“译”为普通话是“干农活的领头人”。水族村寨里的重要农活，如犁田、耕田、育秧、插秧、收割等，全寨各家都要等“活路头”开始干了，才能开始干。农时到来，“活路头”择吉日，举行简单的仪式，象征性地犁一垄地，插几蔸秧，或割几把稻子，其他人再开始在自己承包的田地里干这项农活。这种习俗起码有两个含义，其一是对农业生产的重视，其二是“活路头”是种庄稼的老把式，他们根据气候掌握农时的经验有一定的科学性，跟着他们干可获好收成。
水族在农业生产中有明确的性别分工。“女不犁田，男不插秧”是传统，谁若违反，会遭到非议。