水族并没有固定的家族组织形式，但家族观念较强。每个家族有共同的祖坟，有家族祠堂，水族人称为“三多堂”。水族家族的家族长不是选出来的，而是本族内有一定权势或者是有文化的“能人”在长期的生活过程中自然形成的，他的行为在本族内有影响力。
家族长主要负责调解本家族成员的各种纠纷。水族家庭是以父系小家庭为主，子女结婚后半年或一年，一般都搬出去单过，父母与未婚子女一起生活。父亲是家长，主要负责管理家庭经济，安排家庭生产劳动。