在元代，撒拉族是不使用汉姓的，到了明代，他们纷纷改用汉姓，这不仅是民族间文化经济交流的结果，更有政治上的原因。洪武三年四月明朝曾通令全国：“尝诏告天下，蒙古诸色人等，皆吾赤子……令以汉字为姓”。撒拉族属色目人，他们自然也采用汉姓了。关于汉姓，民间有这样的说法：“十个撒拉九个韩”，韩姓是撒拉族的大姓。历史上，撒拉族的土司、尕最、哈尔等要职人物都为韩姓。人们普遍认为韩姓是撒拉族的根子姓。撒拉族为什么采用韩姓呢？撒拉族祖先在历史上曾称其首领为“可汗”，这种称呼在撒拉族的民间语言口碑材料中还依然存在。汗与韩音同，故明代要求全境内的少数民族改用汉姓时，撒拉族首领就采用了韩姓。这既是对自己远古文化的一种怀念，也是对自己权力的一种象征性的巩固。撒拉族第一任土司原名为神宝，改用汉姓后就称之为韩宝。土司改用韩姓，其同族及其属民自然也就纷纷使用韩姓了，这样把原来同血统和不同血统的居民都紧密地联系在一起了。
除了韩姓外，马姓也是撒拉族社会的一个大姓。虽然有“十个撒拉九个韩”之说，但这与撒拉族的实际情形并不相符。乾隆四十六年清政府从撒拉族老教中调拨兵力前往兰州镇压撒拉族反清起义军，其中当时的查家工中二十三人阵亡，都为查姓人。有学者据此考证，查家工得名于查姓人家，这确实有一定的道理，但目前在查家地区，已没有查姓人家，其中原因不得而知，或许与查家是当年反清起义领袖苏四十三的家乡有关，起义失败后，撒拉族遭到了血腥镇压，人口锐减；当年阵亡的十二名苏只工人，除一名马姓外，其余十一名皆为韩姓；清水工有七人阵亡，皆为韩姓人；别列工有十五人阵亡，除两人为韩姓外，其余皆为马姓；街子工有四十人阵亡，韩姓有二十九人，马姓有十一人；崖曼工有十二人阵亡，马姓有十人，韩姓有二人；张哈工有十九人阵亡，十四人为马姓，五人为韩姓；查汉大寺工有二十六人阵亡，皆为马姓人；孟达工有十八人阵亡，都为马姓人。我们进行一番统计，发现其中除查姓二十三人外，韩姓有五十六人，马姓有九十三人，韩姓不但没有占多数，反而远远少于马姓。以上出现的工名有九个，当时撒拉族十二工中的大寺古工和草滩坝工不在其中，另夕昌工基本为藏族村落，现在大寺古村中马姓占绝大多数，草滩坝村中韩姓马姓都有，因此当时的撒拉族中韩姓并不占多数。现在的撒拉族社会是在原有基础上发展起来的，若韩姓和马姓人口发展速度一样，其人数比例当不会有太大变化，因此，十个撒拉九个韩的说法，就撒拉族姓氏比例而言并不正确。
现在除了韩、马两大姓外，撒拉族还有冶、何、沈、靠、张、喇等二十余姓，其中有相当一部分与周围回族有着很大的关系。如街子的沈姓称他们的祖先是从甘肃临夏迁来的回族，后来成了撒拉族。据《循化志》载，在当时就有从河州（甘肃临夏）迁来的回族几代之后变为撒拉族的现象。还说汉族“历年既久，一切同土人”。在不断吸收新鲜血液的基础上，撒拉族日益成长壮大，形成了有十万人口的全国五十六个少数民族之一。