关于丧葬的习俗，从门隅地区的历史演变来看，土葬是一种古老的葬俗，门巴族很可能曾经普遍实行过。但随着佛教在门隅地区的传播发展，门隅的门巴族主要的是实行火葬，天葬和水葬。
火葬和天葬多半是在喇嘛或富裕户中实行的，一般群众普遍行水葬。如果有婴儿早夭，有的是将木桶里面装进干沙，把尸体用盐水作防腐的处理，置于桶里，放在住房顶层的角楼上，经过数年后再进行水葬。对于那些有传染病的死者，其葬法是不同的，要进行土葬。有一些人将婴儿尸体放在高山石崖下葬。
墨脱宗门巴族普遍沿袭土葬这一古老的丧葬风俗，这是与苯教信仰的存在是有关系的。人死后，将尸体捆作胎儿状，放置在室内二至三日，设下死者灵位，被称作“米江巴”，用玉米等粮食磨的面，做成人骑虎的模型，并把它放在灵前供奉 。在死者的面前还要放食物、衣服和用具祭奠，并要请喇嘛来为他念经，在喇嘛念完经之后，再根据喇嘛所择定的时辰和方法进行出殡。把面人的模型抛到室外，然后还要在小道和村后的三岔路口抛散小石子用来驱鬼。
葬时要挖圆形的深坑，把尸体蹲放于坑内，并且将死者生前所用过的主要的衣物及其他（她）所喜爱的物件一并随葬，坟顶不留标记。墨脱门巴族也有实行火葬和水葬的。有的是先行土葬，等到一年以后再进行火葬。具体的作法是在埋葬的时候，坑顶用木板来遮盖，再堆土于木板上面，这是为了方便以后取尸。取出的尸骨在进行完火化之后，把骨灰与泥土拌匀，做成一个个的“叉叉”（锥形塔），然后把它放在村旁的“叉康”的里面（即存放泥塔的房子）。墨脱门巴族的夭折的婴儿，是将婴儿的尸体装入到一个特大的葫芦之中，然后埋在房屋的下边，在埋好之后，把土夯实打平，没有标记，不让外人知晓。在墨脱，水葬是只用于得了传染病的死者，这是与门隅的门巴族的丧葬风俗完全不一样的。
总之，从患病到死后的全过程，都贯穿着巫师和喇嘛的活动。过去，门巴族人民在精神上受到宗教的束缚是很严重的。1959年以后，在实行了民主改革的地区，随着门巴族中具有现代文化科学知识的年轻一代的成长，宗教观念逐渐淡化，特别是巫师的活动已近于绝迹。