门巴族大多信奉藏传佛教中的宁玛派（俗称红教），个别地方也信仰原始巫教。门巴族对奇险陡峻的高山崇拜最盛，这类山往往被称为“神山”。门巴族认为神山是升天之路，为了死后让灵魂升夭，须在生前熟悉通道之路，于是亩神山崇拜而产生了转山的宗教活动。墨脱的门巴族信教群众常去转山的主要神山有桑多白日神山（位于墨脱境内），布达次崩（位于墨脱县境内）。神山祟拜表现在对神山的诸多禁忌上。如，不准在神山上大声说话和喧哗；不准在神山中打猎；不准砍伐神山的树木；不准搬动神山上的石头等等。
门巴族的各种宗教节日和传统民间节日基本与藏族相同。藏历每月的十日、二十五日，门巴族特别注重开展念经、敬佛活动。门巴族，把藏历每月的八、十五、三十日叫作“堆桑”，意为吉祥日子，一般男人不去打猎，女人不下地，认为这些日子里故意杀生或无意中踩死虫子等就会有很大的罪过。