门巴族有着对鬼、神、佛的最大的宽容精神，不分远近、亲疏、厚薄，都请在他们的心灵的祭祀上按部就座，奉献人间的礼遇和牺牲。原始宗教、原初本教和藏传佛教，是在门巴族社会中并存的、为门巴族共同信仰的三种宗教。
原始宗教古已有之，是门巴族理解、处理和解决人与自然的基础、矛盾和冲突的原则。“万物有灵”是门巴族原始宗教的“理论”基础；而巫师和巫术是人与神、鬼之间的“律师”、“法官”和“审判庭”。直到本世纪中叶，人们还真诚地信仰天神地灵、山鬼水妖、石精树怪、鸟兽虫鱼也都有神性灵气。人是自然的一部分，对人自身不能理解的现象，也是信仰和崇拜的对象，门巴族崇拜的“屋梁神”，是在居室屋梁上悬挂的木制的大、小不等的木杵状的器物，以保佑人丁兴旺、子孙万代，这实际上是原始的男性生殖器崇拜的反映。真诚地信仰培育了审美感，人们从此认为悬吊木杵状器物的房屋是美的。鬼神灵气无所不在，并且喜怒无常，它们既能赐福人间，也常布灾降难，凡病痛或不祥，异常或祸殃，认为都是某种鬼灵妖气造成的，唯有请求巫师施行巫术，请神送鬼，才能禳灾除祸。门巴族巫师有登龙坎、巴窝、觉母和巴母等。
门巴族信仰的本教师从藏区传入门隅的。但本教在门巴族信仰观念中与原始宗教并没有严格界限。本教来到门隅，并未享受到门巴族给予的特殊待遇，它没有特别的仪式和仪轨，是挤在原始宗教的祭坛上一同品尝牺牲，它没有自己的单元住宅，只是在人们的心灵上承认它的存在。不过，本教也确实拓展了门巴族的信仰思想，它们从本教那里请来了天神，给原始宗教的各霸一方的众鬼们找到了最高的主宰；他们接受的本教的宇宙“三界”的结构“理论”，并与民族的实际相结合。他们认为，他们曾经崇拜的那些山神就是本教说的通向“拉”界的“通天之路”。墨脱的门巴族朝拜的南迦巴瓦峰，就是认为是与“拉”界相连的神山。原始宗教崇拜的鬼灵们也被接纳为本教神祗的成员；同时本教的神祗也加入了原始宗教崇拜的鬼灵的行列，如龙、精怪、战神等。本教传入门隅，产生了本教的神话、传说，并在诗歌、舞蹈、戏剧中渗进了本教的思想观念。
佛教传入门隅大约在7世纪、8世纪。至今在历史上属上门隅的错那县勒布门巴族中，还广泛传着莲花生修建桑鸢寺后来到门隅传经授法、降服妖魔的故事。在上门隅的许多地方被认为是莲花生在这里活动的遗址。门隅在7世纪时就被纳入吐蕃王朝的版图。这里自古就是西藏腹心地区通往印度的古道之一。这些传说有一定的可信性。藏传佛教扎根门隅是在11世纪以后。传说，藏传佛教宁玛派活佛帝尔顿·白玛宁巴和他的弟弟宁玛派的乌金桑布活佛来到喜马拉雅山南麓这块被称作是“隐藏着的幸福之地”，传授佛法。乌金桑布亲自主持修建了桑结凌、措结凌和乌坚凌三座著名寺庙（至今还在），并给门隅曼扎岗地方门巴族施授马头金刚灌顶，他因此被称作“达尊神”。曼扎岗也因此更名“达旺”（达即达尊，旺即灌顶之意）。他又在信徒的帮助下，在达旺建立了达旺寺，亲自执掌达旺寺宗教事务。乌金桑布在门隅的活动，深受门隅土王楚卡尔娃的赏识，许配其女儿多吉宗巴，招为婿。从那时起，藏传佛教宁玛派在门隅广为传扬。
宁玛派意为古派或旧派，认为他们的一套教法是从莲花生传下来，使胃西藏历史最久远的佛教派别，俗称红教派，因僧人穿戴红衣帽而得名。宁玛派组织涣散，教徒分散各地，教法内容也不一致，僧人可以居家成亲。而最大的特点是该教派大量的吸收了原初本教的教义、教规和崇拜对象、修行高深的喇嘛和本教巫师携手同行，佛性普遍存在的理论和“万物有灵”的观念统一起来，崇尚密咒，修持“大圆满法”，供奉佛尊和凶神，与原初本教活动结合一体，所以自它传入门隅地区以后，为信仰原始宗教和原初本教的门巴族所喜闻乐见，很易渗进门巴族的文化结构和心理结果之中。至17世纪中叶五世达赖时，虽有格鲁派传入门隅并得到官方支持，但在广大门巴族群众中，宁玛教派依然具有深刻广泛的影响。