柯尔克孜人最初是崇拜图腾。有名的图腾是雪豹和牛。除此，还信仰“乌买”女神。信奉祖先和天神，他们朝南方祷告，崇拜太阳，认为火星不吉利。到了清代，才转信伊斯兰教，属于正统的逊尼派。在东北部分柯尔克孜族信奉萨满教和藏传佛教。