哈尼族有许多种自称，以哈尼、卡多、雅尼、豪尼、碧约、布都、白宏等自称的人数较多。另外还有糯比、糯美、各和、哈鸟、腊米、期的、阿里卡多、阿古卡多、觉围、觉交、爱尼、多塔、阿梭、布孔、补角、哦怒、阿西鲁玛、西摩洛、阿木、多尼、卡别、海尼、和尼、罗缅、叶车等自称和他称。哈尼主要居于红河哈尼族彝族自治州南部的红河县、绿春县、元阳县、金平苗族瑶族傣族自治县等四县；雅尼居于西双版纳自治州及澜沧县；卡多、豪尼、碧约、布都、白宏等均交错聚居或散居于景东彝族自治县、镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县、墨江哈尼族自治县、新平彝族傣族自治县、元江哈尼族彝族傣族自治县、普洱市、江城哈尼族彝族自治县等市县。本民族内部之间的互称和其他民族对哈尼族的称谓也不尽一致。见于汉文史籍中的历史名称，秦汉时期称“昆明叟”，魏晋南北朝时期称“乌蛮”，唐南诏、宋大理国时期称“和蛮”，元朝称“斡蛮”、“斡泥”，明朝称“窝泥”、“和泥”，清朝称“和泥”、“窝泥”、“禾尼”。哈尼族在各个历史时期不同名称的出现及其分布变化，反映了历史上他们迁徙流动的情况。名称虽多，其音义却基本一致，均与目前的自称和互称相同或相近，都从“和”音，其义仍为“和人”。可以说，哈尼族两千多年来基本上就具有一个统一的名称“和人”。中华人民共和国成立后，根据本民族人民的共同意愿，以人数较多的自称“哈尼”为本民族统一的名称。
对哈尼族的历史渊源，民族学和历史学界大致有四种观点：1、东来说；2、两向族源多种文化融合说；3、红河两岸土著说；4、“氏羌系统”南迁说。东来说以滇南地区部分哈尼族采用父子连名谱系追根溯源到南京应天府柳树湾，或山西、河南、江西、贵州等地。并以此为依据，认为哈尼族与汉族的渊源同出一辙。两向族源多种文化融合说认为今天从事山居农耕的哈尼族是“由青藏高原南下的北方游牧部落与云南高原北上的南方稻作民族——夷越融合而成的新型稻作农耕民族”。就族源论，“当是双向的、复合的，即南方土著民族与北方游牧民族的交汇与融合”。就文化论，是一种“南方夷越海滨文化与北方游牧部落的高原文化的化合体。”，红河两岸土著说以出土文物为证据，认为哈尼族系红河地区的土著，与西北高原民族毫不相关。“氏羌系统”南迁说是比较流行的观点。它认为哈尼族同今天云南省境内十几个彝语支系的民族一道，其主流均同源于古代氏羌部落族群。据《史记》、《汉书》、《后汉书》等史籍记载，氏羌族群原游牧于青、甘、藏高原。秦献公时期（公元前384-362年），秦朝势力迅速扩大，大肆进行征服邻近部落侵扰的活动，氏羌族群被迫流迁各地。在迁徙中，南迁的羌人不断繁衍，形成耗牛种和越嶲羌、白马种、广汉羌等若干部落，活动于今川西南、滇西北、滇东北的广大地区。史学家将这些南迁的羌人遗裔统称为“和夷”。和夷名称虽不单指一个民族，但无疑包括哈尼族先民在内。这一记载，与哀牢山区哈尼族的民间传说基本一致。相传哈尼族的祖先，曾游牧于遥远的北方一个名叫“努玛阿美”的地方，尔后逐渐南迁，居住在“谷哈”和“轰阿”（指滇池、洱海沿岸）广大地区，与“昆明种人”相互交错杂居。后因遭异族侵扰，分两条路线往南迁徙：一条即早先“和夷”自川西南迁经滇池昆明一带，再经南迁至滇东南的六诏山区；一条自滇西北迁经大理湖滨平坝，然后分别南下到今哀牢山、无量山区的景东、景谷、镇沅、新平至石屏、建水、蒙自、开远，继而至元江、墨江、红河、元阳、绿春、江城及西双版纳等地。
隋唐时期，哈尼族与彝族的先民同被称为“乌蛮”。唐初，哈尼族开始从乌蛮中逐渐分化，散布于哀牢山、无量山广大地区的哈尼族被称为“和泥”。滇东南六诏山出现的“和蛮”部落，曾多次向唐朝贡方物，开始了与中原政治经济的联系。南诏崛起后，各地哈尼族直接隶属于南诏，与滇东北、滇南彝族一起，被统称为37部蛮。其中的因远（元江）、思陀（红河）、溪处（元阳、金平）、落恐（绿春）、维摩（丘北、泸西、广南）、强现（文山、砚山、西畴）等7部均大部分为哈尼族，处于南诏奴隶制政权的统治下。10世纪中叶，南诏通海节度使段思平率37部蛮，会盟于石城（曲靖），直驱洱海，于937年摧毁了杨氏的“大义宁国”奴隶制政权，在云南建立了大理段氏封建领主政权。哈尼族各部落，因得到大理国段氏的分封，开始建立领主制度。六诏山区各部哈尼族，以强现部最为强盛。其领主龙海基“素为诸夷所服”（见《新纂云南通志》卷一七四，《土司考·开化府》。），统一了各部大小领主。宋皇祐时，因向导宋将杨文广过境有功，受宋王朝令世领六诏山区，世代为滇东南最高领主。滇东南哈尼族便与中原有了密切的联系。
13世纪中叶，元朝灭大理段氏政权，统一诸部，设云南行省。元宪宗六年（1256年）立阿万户府（至元十三年改为临安府），辖今红河州大部、文山州一部。龙海基九世龙健能曾一度被授为阿万户府总管，加强了与内地的联系。哀牢山区各部哈尼族，从10世纪中叶进入封建领主社会。1256年后，元朝设置元江万户府，思陀设置和泥路，落恐、溪处分别设置正副万户府等统治机构，以哈尼族首领为土官分别直隶于云南行省。后又将元江万户府改为元江军民管府和元江路，统辖哀牢山地区哈尼族各部，加强了直接统治。
明初，明军征云南，龙海基16世孙龙者宁迎明反元，使得明军直捣梁王府，迅速摧毁了元朝在云南的最后统治，改云南行中书省为云南布政使司。在哀牢山哈尼族地区，成立各部长官司，多由哈尼族土官充任。各地哈尼族土官与中原皇朝的关系更为亲近。思陀遮比、溪处自恩、落恐他有、瓦渣阿英等土官，分别接受明皇朝所赐李、赵、陈、钱等汉姓。明初，在云南实行军屯、民屯、兴修水利，发展生产。不少汉族进入哈尼族地区，带来了先进的生产工具和生产技术，促进了哈尼族社会的经济发展，使经济结构发生了变化。当时的六诏山“土田多美，稼穑易丰”（乾隆《开化府志》卷九，“风俗种人”条）。14世纪中叶以后，新平、元江、墨江、普洱、镇沅一带的哈尼族逐步向封建地主制经济过渡。
明末农民起义军残部李定国，在哈尼族等各族人民的支持下，在云南建立了抗清根据地。清兵进逼云南以后，哈尼族头人龙韬等联合六诏山、哀牢山区哈尼族等各族人民，推举宁州（华宁）土官禄昌贤为首领，于1665年举行了席卷整个滇中南的反清大起义。起义失败后，清政府就此废除六诏山区各土官领地，实行改土归流，分属开化、广西两府，从此结束了哈尼族龙氏在滇东南近500年的统治。哈尼族居民逐渐与其他民族融合，有的则迁至红河南岸哀牢山区。至此，滇东南六诏山区哈尼族基本绝迹。与此同时，清政府在哀牢山区也推行改土归流政策，废除因远罗必甸长官司，属元江州管辖；改马龙他郎甸长官司、钮兀长官司为他郎厅（墨江），隶属普洱府。思陀、溪处、落恐等各土司仍旧不变，继续实行土司制度1817年，红河南岸宗哈（今元阳县攀枝花乡）新兴地主高罗衣聚众700多人起义，自封“窝泥王”。起义军曾一度攻克麻栗寨、新街、芭蕉岭、逢春岭、溪处、瓦渣等土司领地，给土司领主以沉重打击。起义失败后，高罗衣被俘身亡。1853年秋，哀牢山中段镇沅、墨江、新平等地各民族在田四浪（本名田以政，墨江哈尼族卡多人）领导下，聚众3000多人起义，一度攻占镇沅县全境和西南部哀牢山区。
1856年，起义军与李文学率领的农民起义军结盟，田四浪被推举为“夷家兵马副元帅”，分领哀牢山中、下段农民起义军。起义军一度攻占了许多地方，有力地打击了封建领主和清王朝的黑暗统治。1870年12月，田四浪被俘，于次年被清兵杀害。
1917年，金平猛丁土司区管辖下芭蕉河的苗族人民在女“苗王”马勃迈的带领下发动起义。元阳县多沙寨女青年卢梅贝一马当先，率领当地哈尼族义军英勇作战，被“苗王”封为大将。年底，义军汇集于茅山，推举卢梅贝为联军统帅，分路扫荡各地土司势力，多次给官军以沉重打击。1920年春，义军战败于马鹿塘——茅山一带，卢梅贝在群众的掩护下幸免于难。哈尼人民赞扬她为各族人民英勇斗争的精神，尊称她为“多沙阿波”（意为多沙寨的“阿爷”）。
近百年来，哈尼族人民此起彼伏的反帝反封建斗争，由于当时历史条件的局限，都归于失败。只有在中国共产党的领导下，人民革命斗争才逐渐走向胜利。早在大革命时期，今开远、蒙自、个旧等县、市就已经有了共产党的地下组织，继而扩大到滇东、滇西各县。1930年左右，哈尼族主要聚居的墨江县，是当时云南地下党活动的主要地区之一。党组织了读书会、＂穷人相帮会＂等活动，教育和培养了广大贫苦农民及许多优秀的哈尼族知识分子，在哈尼族地区撒下了革命的火种。1947年底，中共滇南临时工委在个旧秘密建立。次年，在元江彭泽正式建立红河地区的游击武装。这支队伍东征西战，不断壮大，1948年正式编组成“云南人民讨蒋自救自卫军第三纵队”，得到了哈尼族人民的极大的响应和支持，党领导下的哈尼族地区的人民游击武装，迅速燃起了革命斗争的燎原烈火，迎来了全国解放的伟大胜利。