藏药理论主要有两个方面；一是讲药物的生长、性、味、效、与五源(水、土、火、风、空)有密切关系：二是讲性、味、效是临床用药的理论基础。
万物之生机来于五源，药物的生长亦来于五源，其中，土为药物生长之本源，水为药物生长汁液，火为药物生长热源，气为药物生长之动力，空为药物生长之空间。五源缺一，特别是空(天)缺了，药物则无生机。这一精辟论述，阐明了药物生长与自然环境的辩证关系，这就是当今所说的生态环境对植物生长的特殊性。同时它认为药物的味、性、效亦来源于五源。土与水使其生出甘味；火与土使其形成酸味、水与火的成分生出咸味；水与风的成分大时则生出苦味；火与风的成分大时则生出辛味；土与风的成分大时则生出涩味。这就是两个大种的成分配合不同，随之药物也产生了六种味。
土性药其性重、稳、钝、柔、润、干。其作用是能使身体坚实，主要能医治“龙”病。水性药其性稀、凉、重、钝、润、柔、软，其作用是能滋润身体，主要是能医治“赤巴”病。火性药其性辛、锐、干、糙、轻、润、动，其作用是能生火热，主要医治“培根”症。风性药物其性轻、动、寒、糙、燥、干，其作用是使身体坚实，精气通行，主要能医治“培根”、“赤巴”病。空性药物统帅其他四大种所生的药物，遍行全身；主要治疗综合性的疾病。因此，五大种相合生成各物，地上无物不为药。向上运行的药物是火性药和风性药；下行药物是土性药和水性药；泻药大部分是甘味药。
药味的区别：计有甘、酸、咸、苦、辛、涩六种，其滋养身体的力量依次以前者较大。舌对药物的感觉就是味，因此甘味在口中能长时间地停留，能引起食欲；酸味会使牙酸痒，口水外流；咸味一接触舌头，口水会聚集；苦味能使口臭消失，引起反胃；辛味一到口里就感觉刺舌头，流眼沮；涩味一到口中便觉粘舌、粘颚，有粗糙的感觉。