广西地区的土司制度，渊源于秦汉的土官土吏，开始于唐宋羁縻制度，全盛于明代，没落于清代，消亡于民国时期，延续了一千多年。这个相当漫长的历史阶段，也正是广西民族医药特别是壮医药的形成和发展时期。广西各少数民族大多未能形成本民族的规范化文字，然而民族医药特别是壮医药居然能够通过口授心传和部分汉文资料得以流传下来，这不能不认为是与土司制度有一定的关系的，其积极作用的一面不应抹煞。
官方和民间有一定数量的专职医药人员
首先，在土司制度下，官方设有医药机构，官方和民间有一定数量的专职医药人员。地方志对此有明确的记载。如土司管辖的庆远府、思恩县、天河县、武缘县、永淳县、南宁府等（均为壮族聚居地方），均设有医学署。据不完全统计，明代嘉靖十年，广西壮族聚居的40多个州府县土司均设有医学署。而且这些医学署的医宫“本为土人”，即由当地少数民族担任，这对于壮医药的发展，当然是一个促进的因素。事实上，在土司家属中，亦有直接从事医药工作的人。据有关史料记载，宋代羁广源州壮族首领侬智高的母亲阿侬，就是一位医术颇精的女壮医，擅长骨伤科。侬智高起兵反宋，兵败于大理，阿侬还把壮医医术传播到云南。广西忻城县莫氏土司家庭中，也出现了专职医生。如清道光年间，在忻城县土司衙署（现仍保存完好）西侧曾建起一栋“大夫第”，莫氏土司第十九代孙莫述经（号软明）就是大夫第里的专职医生，主管土司衙署大小官员及其眷属的保健事务，同时也兼理一些民间疾患。莫述经的诊室、药房设在“大夫第”头堂，诊室在左，药房在右，专用本地的民族药和中药防病治病。土司的亲属亦从事医疗工作，说明在土司制度下壮医药是有一定社会地位的。
壮医药是受到社会重视的
其次，对名医、神医、药王的崇拜和纪念，反映在土司制度下，壮医药是受到社会重视的。如《宁明州志》载：“医灵庙在东门外附近城脚”；《邕宁县志》谓：“药王庙在北门大街，东岳庙左侧”；《柳州县志》称“药王庙，在西门内”，等等。清代以前，壮族地区基本上没有西医，中医也为数不多，这些被立庙纪念的神医药王，尽管多数没有标出姓名，但在很大程度上可以说是民间名医，因为他们的高明医术和高尚医德而受到群众的敬仰。忻城土司衙署附近现仍保存有一座“三界庙”，据民间传说三界就是壮族的一位神医，他得仙人传授异术和法宝，专门为穷苦村民诊疗疾病，药到病除，起死回生，名气很大，得以立庙享受百姓香火。三界庙能修到土司衙门旁边，亦可以从侧面反映这位神医在土官土民心目中的崇高形象。
土司对民族医药采取的一些褒奖措施，对于民族医药的发展，应当说也是有一定促进作用。广西庆远协左营三司把总（土官名）李某赠给名医谭靖修的一块牌匾，大书“妙手婆心”四字；一些民间壮医因医术高明，德高望重而被作为地方名人入选地方志，如《融县志》：“路顺德，古鼎村人，殚精医学，著有《治蛊新方》一册”；《象县志》：“蕈德本，同庚村人……善治跌打损伤”；《三江县志》：“侯第福，寨壮乡佳林村……表脉理，用草药”，等等。正是由于壮医药在土司制度下受到一定程度的重视，一些特殊的诊疗方法和验方秘方得以初步总结和逐步提高，如壮医浅刺疗法、斑麻救法、青蒿绞汁内服治瘴等，早在宋代文献中就有记载；南宋医书分类中，还出现了《岭南方》一类（专门列岭南少数民族医书）。清代《柳城具志》指出：当地患病者服药，不尽限于仲景叔和，间有用一二味草药奇验者。其他针灸之术，以妇人尤为擅长”。著名的壮医药线点灸疗法，其主要传人就是清末民初的柳江女壮医楷蕈氏。一些壮族地区如靖西、忻城、贵县、隆林等还自发形成了具有一定规模的民族药市，促进了壮医药的学术交流和发展。
当然也有消极的影响
土司制度对民族医药的发展当然也有消极的影响。由于生产力发展水平较低，这就从经济基础上影响了壮医药的进一步发展。土司制度下的狭隘、保守封闭状态和思想意识，对壮医药的发展也是一种不可忽视的消极因素。此外，壮医药还常常被披上迷信的外衣，正如《岭表纪蛮》指出的：“蛮人以草药治跌打损伤及痈疽疮毒外科一些杂症，每有奇效，然亦以迷信出之”，作者还记载了一次目睹的壮医治疗：“予尝见一患痈者，延僮老治疾。其人至，病家以雄鸡、毫银、水、米诸事陈于堂，术者先取银纳入袋中，脱草履于地，取水念咒，喷患处，操刀割之，脓血迸流，而病者毫无痛苦。脓尽，敷以药即愈”。这种巫医结合的治病方式，不能不认为是与土司制度下的相对封闭落后分不开的。资料表明，壮医药于先秦时期已草创萌芽，经过历代的不断实践和总结，大约在唐、宋时已基本形成本民族医药的体系。它在历史上曾经作为主要的防治手段，为壮民族的生存繁衍和健康作出了重要的贡献。