土司制度对民族医药的发展当然也有消极的影响。由于生产力发展水平较低，这就从经济基础上影响了壮医药的进一步发展。土司制度下的狭隘、保守封闭状态和思想意识，对壮医药的发展也是一种不可忽视的消极因素。
此外，壮医药还常常被披上迷信的外衣，正如《岭表纪蛮》指出的：“蛮人以草药治跌打损伤及痈疽疮毒外科一些杂症，每有奇效，然亦以迷信出之”，还记载了一次目睹的壮医治疗：“予尝见一患痈者，延僮老治疾。其人至，病家以雄鸡、毫银、水、米诸事陈于堂，术者先取银纳入袋中，脱草履于地，取水念咒，喷患处，操刀割之，脓血迸流，而病者毫无痛苦。脓尽，敷以药即愈”。这种巫医结合的治病方式，不能不认为是与土司制度下的相对封闭落后分不开的。
资料表明，壮医药于先秦时期已草创萌芽，经过历代的不断实践和总结，大约在唐、宋时已基本形成本民族医药的体系。它在历史上曾经作为主要的防治手段，为壮民族的生存繁衍和健康作出了重要的贡献。