药物治疗，是土家医长期应用药物治疗疾病的经验总结，其用药总的原则是：寒则热之，热则寒之；亏则补之，余则泻之；阻则通之，肿则消之；惊则镇之，湿则祛之。在临床具体应用上可视其情况，而采用相应的治法。
汗法：汗法是开通汗窍，驱逐瘟气的一种治疗方法。其主要作用是驱逐入侵在肌肤的病气，如寒、湿。适用外感疾病、水蛊胀或疮疡、流痰疾症的早期，以及出水痘未透的阶段。汗法又分三类：热发，用热性药物治疗表寒证；寒发，用冷凉药物治疗表热证；补发，对体质虚弱，又感病气者，即在应用温、寒药物发汗时，适当用一些补气血的药物，使之既无损元气，又达到驱除病气的作用。
泻法：该法是驱逐体内结滞，通泄二便的一种治法。具有排除滞积和恢复机体功能的作用。泻法主要用于病气在肚肠，大便秘结，以及三元脏器的水结、食滞或瘀血、虫积等症。
赶法：是祛除体内湿气、风气、气滞、血瘀的一种治疗方法。临床用于祛除风寒湿气，疏通筋脉骨节气血，调畅胃肠气机。
止法：是通过药物的作用达到制止出血、遗尿、遗精、崩带、汗出不止的一种治疗方法。
补法：是通过药物来滋补人体气血精，或补益三元脏器虚损的一种治法。它主要用于一切虚证。补法，又分补气、补血、补精三大类，以及根据病情选用平补、缓补、急补等不同方法。补气法，适用于神倦无力，少气懒言，虚汗，脉虚等气症。补血法，适用于头晕目眩，心慌，健忘失眠，面色苍白，唇爪无华，舌淡，脉细等血虚证。补精法，适用于头晕目眩，腰痛，膝软，遗精，阳痿，脉弱等精虚症。
温法是通过药物的作用达到温暖三元脏器的一种治疗方法。主要用于形寒肢冷，胸腹冷痛，吐泻清冷的内寒症。
清法是通过药物的作用达到除三元脏器火毒的一种治疗方法。主要用于高热烦渴，目赤舌红，口苦溺黄，脉快等内火证及疮疱癀等火毒证。