一、上元脏器
上元又称头元，上元脏器包括脑、心、肺，三者共居上天，统摄人体气、血、神志，为三元之首。
脑，居巴骨（颅骨）内，主神。土家医认为，脑是人体生命活动的统帅，主宰着人体的生命活动。脑主神是指人的精神、意识、思维活动皆由脑产生，各种感觉和运动亦由脑所主。脑主神功能的正常发挥，与气、血，精的盛衰关系极为密切。气、血、精充盛，则脑得以充养，脑神精灵，人体生命活动正常，表现为精神振奋，神志清楚，语言清晰，反应灵敏，动作自如。反之．则脑失所养，脑神失常，出现精神萎靡、语言错乱、反应迟钝，甚至出现神躁、神乱、神闭、神昏、神亡等危象。
心，位于左胸排叉骨（又称肋巴骨）中间，主血。土家医认为，心是人体气、血、精输布全身的中心枢纽。心如一个唧筒，心肌扩张，把全身各处的气、血、精沿筋脉吸到心腔；心肌紧缩，则把抽吸到心的气、血、精通过筋脉输送到全身，使人体上下内外都能得到气、血、精的充养，以维持人体正常的生理功能。心主血功能失常，通常表现力两个方面，一是血亏、气少、精衰，可见心释，倦怠乏力、头晕目眩、面色苍白、唇舌色淡、爪甲无华；二是血气挡胸，出现心悸、心胸憋闷刺痛、面口青紫、爪甲发乌。
肺，位于胸腔，左右各一，主呼吸。肺如一个囊袋，上经喉管与口鼻相联，下由气管与心相通，喉管与气管不断交替开合，将体内外的气体进行交换，吐故纳新，保证人体新陈代谢的正常进行，维持人体的生命活动。当喉管张开，气管闭合，则自然界天气经鼻转与喉管吸人于肺；当喉管闭合，气管张开，则吸人肺的天气沿气管下注于心；当气管、喉管均张开，则将全身浊气由心经气管、肺、喉管自鼻窍排出体外。肺主呼吸的功能失常，表现为两个方面，一是气亏，可见少气、倦怠乏力、咳喘，动则益甚，精神萎靡、语声低微；二是气挡胸，可见胸闷、气促、肚胀等。
二、中元脏器
中元又称腹元，中元脏器主要包括肚、肠、肝，三者共居腹内，为水谷出入及水精、谷精化生之处，人体供养之本。
肚，又称胃，位于上腹，主受纳与消磨。受纳，即接受、容纳饮食物；消磨，即初步消化，形成糊糊(即食糜)。肚如一个磨子，上有一口，通过食管与口窍相通；下有一窍，与肠相连。肚接受从口窍沿食管进人的饮食物，将其磨成糊糊．进行初步消化，然后经下窍传人肠中。肚主受纳与消磨功能失常，主要表现为食停肚（又称隔食），可见腹胀、不思饮食、嗳气臭移，呕吐等。
肠，位于脐腹部位，主饮食物的变化。肠如一个蒸酒虹，将进人其中的食物糊糊进行发酵，分为精微与糟粕两个部分。精微由肠吸收，上注于肝，为人体所用；糟粕下移，形成粪便，经肚窍排出体外。肠主饮食物变化功能失常，主要表现为排便的异常，可见腹胀、腹痛、腹泻、便秘，甚则完谷不化。
肝，居右排叉骨后方，右胁之内，主水精、谷精的生成。肝有上下两管，上管与筋脉相连，下管与肠相通。肠吸收的精微沿肝之下管上输于肝，在肝的作用下，生成水精与精，通过肝之上管进人筋脉，流注于心，再依靠心的作用，输布于全身。肝病则水精、谷精生成障碍，人体所需的营养物质匿乏。见面色萎黄、形体消瘦或虚肿、倦怠乏力等。
三、下元脏器
下元又称足元，下元脏器包括腰子、养儿肠（或精脬）和尿脬，三者共居下元，为人体孕精生成之所，生命发生之根，同时有排泌余水（尿液）之功。
腰子，位于后排叉骨下方之前的板油内，左右各一，主孕精的生成。腰子有两个开口，分别与管子相连。当腰子发育到一定程度，便能把通过上管输送而来的血液及其中所含的谷精为孕精；此时，若男女交合，孕精便由腰子经下管输送到养儿肠或精胖，男精与女精结合便能有子。腰子主孕精生成功能，孕精的生成障碍，主要表现为不夺、腰痛等病证。
养儿肠与精脬，均位于少腹。男子的精脬，接受腰子输送的平精，产生性快感则排出体外；女子的养儿肠，接受腰子输送的孕精，如与男子孕精结合，便能有子，否则化为月经排出体外。如精脬功能失常，可见遗精、滑精、交合时不泄精等；养儿肠功能失常，可见滑胎、月经不调、摆白等。
尿脬，位于少腹，主尿。肠有一管与尿胖相通，饮水中的精微部分经脸上注于肝，形成水精，其余部分则沿肠管输人尿脬，在尿脬的作用下，生成尿液，从尿脬排出体外。尿辟主尿功能失常，主要表现为排尿异常，可见尿顿、尿急、尿痛、尿闭和水肿等。