内蒙古蒙药最具有民族鲜明特色的药用种类有：森登（文冠木）、乌和日-西鲁斯（蒙古山萝卜）、阿拉坦花-其其格（金莲花）、昂给鲁莫斯-毕日阳古（香青兰）、敏吉一茵一苏日（紫筒草）、巴嘎-塔日奴（瑞香狼毒）、嘎顺-包日其格（苦豆子）、楼格莫日（糙苏）、汗达盖-合勒（肾叶橐吾）、敖朗黑布（绶草）等。
蒙药材中，用的最多的是麝香、丁香、荜茇、豆蔻、香青兰、马钱子、水银和草乌等；一般如果配伍中用到草乌，多数都配诃子（阿如勒）。