蒙药的内容主要包括：五元、六味、药力、药性、药物功能。
五元蒙药学以古代朴素的五元（土、水、火、气、空）为理论基础。认为植物发育生长与“五元”有密切的关系。土是植物的基础，是植物吸养之源，生命之根本。水是植物所需养料的溶媒，也是植物体内运化因子，有滋润营养植物、促进其生长的作用。火在植物内为能量、
动力因子；外界的阳光、温度，使植物生长成熟。气在植物内为生化因子，气具有养育植物、促其生长的作用。空在植物内为间隙因子，是物质形成管腔孔道之因素，外界是一切物体所存在的空间。
六味药物有不同的味道，这些味道，是五元在药物形成的过程中，经过复杂作用而造就的，概括起来可分为甘、酸、咸、苦、辛、涩六种。甘味，在五元中以土、水含量为主，其他元素为辅。酸味，在五元中以火、土含量为主，其他元素为辅。咸味，在五元中以水、火含量为主，其他元素为辅。苦味，在五元中以水、气含量为主，其他元素为辅。辛味，在五元中以火、气含量为主，其他元素为辅。涩味，在五元中以土、气含量为主，其他元素为辅。除单一味道外，还有两种以上的味结合而产生的“中性味”，以及由于味的转化、相互作用而产生的苦中苦、甘中甘等结合成复杂的“复合味”，尽管变化复杂，仍可归纳于基本六味的范畴之内。
药力药物品种虽然繁多，但不外寒热两性，即阴性和阳性两大类型。热性药物多生于热处及向阳处，获得了充足的阳光，阳性药物药力充沛，才有完备的热性药力，有升阳、消食、祛风寒、除痰湿的作用。应用过量则引起头晕、头痛、发烧、烦渴等症状。寒性药物多生于寒处及阴凉处，获得充足的月辉，阴性药物药力充沛，才有完备的寒性药力，有镇静安神、健身泽肤、祛瘀、降火的作用。应用过量则引起胃阳衰弱、抽搐等。再据药物寒热两性的程度差异，阴阳二性又分为中间型、复合型等，并有热中热、寒中寒、寒、热、温、凉等进一步的区别。治疗阴性病（寒性疾患），则用阳性药（温热药）；活疗阳性病（热性疾患），则用阴性药（寒凉药）。这是一般准则。
药性药物的性能或药理作用。蒙医用药的基本原则就是利用蒙药的性能调整机体内部的“赫依”、“希拉”、“巴达干”的偏盛偏衰。若三者保持平衡和协调，就健康无病；如果三者失去平衡，便会产生各种病变，甚或导致死亡。古人在临床用药中，将药物性能总结为重、脂、寒、钝、轻、涩、热、锐等八种。其中，重、脂二性克制“赫依”病证，寒、钝二性克制“希拉”病证，轻、涩、热、锐四性克制“巴达干”(痰、寒、湿)病证。再者，轻、涩、寒三性生“赫依”（风）；热、锐、脂三性生“希拉”(火)；重、脂、寒、钝四性生“巴达干”（寒）。
药物功能有柔、重、温、脂、固、寒、钝、凉、和、稀、燥、淡、热、轻、锐、涩、动等17种。
蒙医根据药物的寒热两性，派生出8种药物性能，最后又发展成为药物的17种功能。在临床实践中运用这17种药物功能去克制疾病的20种基本性质。