维吾尔族有着悠久的历史。“维吾尔”是维吾尔族自称“Uyghur”的音译，具有“联合”、“同盟”(拉施特《史集》第1卷)和“凝结”的意思。“维吾尔”一名最早见于汉籍是在公元4世纪的《魏书·高车传》里，被译写为“韦纥”，指的是高车部落联合体中的一个部落。公元7世纪开始称“回纥”《新唐书》卷217；788年又改译为“回鹘”《资治通鉴》卷233，这个称呼一直延续至宋及五代。元明时期一般译为“畏兀儿”。1934年，中华民国新疆省政府正式规定“维吾尔”为汉译民族名称，此后这一译名就一直沿用至今。
维吾尔族是一个多源民族，最主要的来源有两支：一支是来自蒙古草原的回纥人，另一支是南疆绿洲上的土着居民。这两部分人于公元840年大规模汇合，至16世纪初完全融合成为现代维吾尔民族。
回纥源于丁零。早在公元前3世纪，在蒙古草原和南西伯利亚地区，活动着很多被统称为丁零的游牧部落。丁零人相继受草原上的匈奴、鲜卑和柔然汗国的统治，长期局促于山地森林和蒙古草原的北部边缘，以狩猎和畜牧为生。公元4世纪以后，丁零又被称为“铁勒”，由于使用一种＂车轮高大，辐数至多＂的大车，又被称为“高车”（《魏书》卷103）。他们分布于西起伏尔加河、东至兴安岭的东西万余里的欧亚北方大草原上。其中，活动于贝加尔湖一带的被称为东部铁勒。东部铁勒中较大的部落有9个，回纥是其中之一。为了抵御异族的侵扰和压迫，这9个部落经常结合成暂时的地域性联盟，因此又被称为“九姓铁勒”或简称“九姓”。回纥部原游牧于色楞格河流域，最初可能由10个氏族组成，也可能是他们有尚“十”的习俗，因此又自称“十回纥”。十回纥以药逻葛氏族为首，部落酋长都由药逻葛氏族选出。